基于多工具的山羊circRNA-miRNA靶向关系分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陶虎

作者： 陶虎;杨娟;许铭洙;刘泽林;张年;刘洋;陈明新

作者机构：

关键词： MiRNA靶位点预测工具;Circ0008219;MiRNA;靶向关系

期刊名称： 中国畜牧杂志

ISSN： 0258-7033

年卷期： 2021 年 012 期

页码： 104-109

收录情况： 北大核心

摘要： 环状RNA（circular RNA,circRNA）是一类共价键成环、高稳定性的非编码RNA分子,不包含5’端帽子和3’poly A尾,其发挥调控作用的机制之一是利用"分子海绵"作用吸附microRNA（miRNA）。miRNA靶标预测工具众多,但大多不支持山羊miRNA靶标的预测。本研究选择5款支持序列分析的本地化miRNA靶标预测工具来进行山羊环状RNA circ0008219序列中miRNA结合关系的联合预测,介绍了上述软件的安装、使用和分析等内容;获得了10个潜在候选miRNA,选取其中5个8mer site类型的miRNA,利用双荧光素酶报告系统研究发现4个miRNA可与靶序列结合。本研究表明利用多种支持序列分析的本地化工具进行联合预测miRNA靶标具有较高的阳性率,可为circRNA与miRNA靶向关系预测提供新的思路和方法。

分类号： S827

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