基于RNA-Seq技术的鲮转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 许建

作者： 许建;赵建;徐礼鸣;崔军;李强;朱新平;徐鹏

作者机构：

关键词： 鲮;转录组;高通量RNA测序;从头组装

期刊名称： 大连海洋大学学报

ISSN： 2095-1388

年卷期： 2014 年 06 期

页码： 556-560

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为满足标记辅助育种的要求,通过454测序平台首次开展了鲮Cirrhina molitorella全鱼转录组深度测序,并用Newbler等软件进行数据精细分析。结果表明:共获得了1 297 479条reads,总碱基数为486 586 191 bp,组装后得到19 962条contigs,平均长度为1269 bp,N50为1509 bp。基因功能注释研究共获取了10 577个特异蛋白,根据特异蛋白注释结果进行GO分析,有7314条contigs有GO注释,包含5381个特异蛋白;采用GO功能分类工具可将已注释转录物序列划分为分子功能、生物途径和细胞成分3类,为下一步开展生长等性状相关基因功能验证研究提供丰富的序列资源;共鉴定出5931个具有完整的ORF的全长c DNA序列,并且鉴定出2438个微卫星和5014个SNP位点。本研究中,还建立了鲮转录组数据库和网站,方便同行随时调取数据,这为深入开展鲮分子标记辅助的遗传育种、种群遗传学和资源评估等研究提供了丰富的标记资源。

分类号： S917.4

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