基于重测序的23份香菇种质资源全基因组序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 宋琳琳

作者： 宋琳琳;陈红芝;毋柳柳;李畅;孟丽;孔维丽

作者机构：

关键词： 香菇;重测序;单核苷酸多态性;插入缺失变异;群体遗传结构

期刊名称： 中国瓜菜

ISSN： 1673-2871

年卷期： 2024 年 37 卷 003 期

页码： 28-34

收录情况： 北大核心

摘要： 为了对河南香菇主产区的主栽品种进行鉴定,并分析其遗传多样性,将河南主栽的23份香菇种质资源进行重测序,对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和小片段插入缺失(insertion-deletion,InDel)等数据进行统计和分析,并基于SNP变异对23份香菇资源进行遗传结构分析、进化树构建和主成分分析.结果表明,在23份香菇样本中,比对到参考基因组上的reads数目占总数的比例范围为72.53%~90.60%,样品平均测序深度范围为12.83~19.99,覆盖率范围为91.89%~99.32%.SNP位点共计14 115 075个,InDel共计1 909 516个.23份香菇样本的群体遗传结构及系统发育分析表明其包含3个谱系,遗传距离0.054 90~0.656 89,推测它们至少有3个祖先遗传成分.结合主成分分析法明确各菌种间的亲缘关系远近,证明了菌种分支具有明显的地域性.综合分析表明,以基因序列相似度、遗传距离差异及亲缘关系远近为主要依据特点,有助于对香菇地方品种命名和其特征特性关系的认识,促进优异种质资源的交流与利用.

分类号： S646

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