肉鸡肌肉与脂肪组织基因组差异剪接基因分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张敏

作者： 张敏;王杰;孙艳发;钟礼鹏;李焰;许卫华;李虹仪;张茂;黄其春

作者机构：

关键词： 肉鸡;可变剪接;差异剪接基因;RNA-seq

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2018 年 10 期

页码： 2124-2132

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在鉴定和分析肉鸡肌肉和脂肪组织基因组差异剪接基因(differential splicing gene,DSG)。本研究采用Illumina Hiseq 2500测序平台对AA肉鸡胸肌和腹部脂肪组织各3个样品进行转录组测序,使用rMATS软件检测样品中可变剪接事件(alternative splicing,AS)和组织间的DSG,并对DSG进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果表明,在肉鸡肌肉和脂肪组织中分别检测到(5 966.00±111.66)和(6 757.00±156.51)个可变剪接事件(P=0.002)。5种可变剪接类型中以外显子跳跃(skipped exon,SE)为主,分别占肌肉和脂肪组织中可变剪接事件总数量的54.92%和52.67%。肌肉和脂肪组织基因组间检测到513个显著的DSGs。GO基因富集分析发现,93个DSGs显著富集于细胞组分和分子功能中。信号通路分析发现,31个DSGs富集在肌动蛋白细胞骨架调节、焦点粘连、丙酮酸代谢和细胞内吞作用信号通路中,其中14个DSGs在肌肉和脂肪组织基因组中的表达水平未发生显著变化。本研究通过对肉鸡肌肉和脂肪组织基因组中DSG的鉴定与分析,为研究可变剪接及其调控机制、组织间差异剪接的多样性提供理论依据。

分类号： S831.2

  • 相关文献

[1]绵羊不同发育阶段背最长肌组织中可变剪接的鉴定与分析. 鲍晶晶,浦亚斌,马月辉,赵倩君. 2019

[2]可变剪接及其在畜禽育种中的研究与应用. 疏泽,王立贤,王立刚. 2020

[3]应用RNA-seq数据开展鸭基因组可变剪接的鉴定与分析. 徐铁山,顾丽红,侯水生,叶保国. 2016

[4]一个水稻黄绿叶突变体ygl14(t)的鉴定及基因定位. 林添资,孙立亭,景德道,钱华飞,余波,曾生元,李闯,龚红兵. 2018

[5]猪TLR4基因可变剪接体的鉴定. 杨秀芹,翟春媛,李海涛,刘娣. 2011

[6]春性甘蓝型油菜FCA同源基因可变剪接体的克隆及表达研究. 张生萍,罗玉秀,杜德志,罗春燕,马小岗,赵志刚,许唱唱,张红生,吴鹏. 2016

[7]120日龄文昌鸡RNA-Seq基因结构及SNP分析. 顾丽红,李金明,张细权,邱峰芳,邢增杨,林哲敏. 2019

[8]猪NR1H3基因可变剪接体的克隆及表达特性研究. 张雪莲,晋大鹏,吴怡琦,李文霞,秦本源,蔡春波,高鹏飞,郭晓红,李步高,曹果清. 2020

[9]金定鸭卵巢组织转录组SNPs和可变剪接分析. 朱志明,缪中纬,章琳俐,李丽,辛清武,林顺东,郑嫩珠,黄勤楼. 2020

[10]肌肉生长发育可变剪接研究进展. 孙燕勇,付绍印,何小龙,王标,刘永斌,张文广. 2021

[11]人类1号染色体可变剪接与普通剪接基因同义密码子的使用分析I.同义密码子偏爱使用分析. 陈学平,武耀廷,郭家明,张成,马飞. 2004

[12]凡纳滨对虾E75基因可变剪切形式的鉴定与分析. 杜江丽,张晓军,张小溪,袁剑波,高羿,李富花,相建海. 2019

[13]干旱胁迫下表观遗传机制对转C4型PEPC基因水稻种子萌发的影响. 宋凝曦,谢寅峰,李霞. 2020

[14]植物可变剪接研究进展. 徐悦,王希,申子萌. 2022

[15]中华猕猴桃基因组可变剪接事件鉴定及分析. 周晏秋,覃瑞,刘胜毅,李刚,黄军艳. 2015

[16]一个由可变剪接造成的水稻开颖不育突变体ohms1的鉴定及基因定位. 孙廉平,张迎信,张沛沛,杨正福,占小登,沈希宏,张振华,胡霞,轩丹丹,吴玮勋,曹立勇,程式华. 2015

[17]玉米ZmcpSRP54基因可变剪接分析. 关海英,何春梅,王娟,刘铁山,董瑞,刘春晓,刘强,汪黎明. 2019

[18]花生FAT基因家族的全基因组分析. 张会,单雷,李新国,郭峰,孟静静,万书波,彭振英. 2018

[19]花生丙二酰单酰CoA转酰基酶(MCMT)基因家族应对不同胁迫的响应模式. 彭振英,孟静静,唐朝辉,王建国,张佳蕾,郭峰,杨莎,张智猛,丁红,李新国,万书波. 2020

[20]芦笋两性花与雄花中发生可变剪接基因的差异分析. 黄玲,李琼英,韦树谷,赖佳,代顺冬,张骞方,曾华兰,刘佳,叶鹏盛. 2019

作者其他论文 更多>>

微信小程序