观赏樱属植物基因组SSR分子标记开发及鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李水根

作者： 李水根;关媛;李秀芬;朱继军;李记开;朱建军

作者机构： 上海市农业科学院林木果树研究所;上海市农业科学院作物育种栽培研究所;上海植物园

关键词： 喜马拉雅樱花;基因组SSR;微卫星;分子标记;遗传多样性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 024 期

页码： 8160-8169

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了开发樱属植物的基因组SSR（简单重复序列）分子标记，本研究在IlluminaNovaSeq PE平台上进行喜马拉雅樱花（Cerasus cerasoides）基因组序列勘测。利用Perl脚本MISA识别微卫星序列，并随机合成100对引物进行引物多态性筛选。选择易扩增、多态性高的引物，采用荧光标记毛细管电泳法在45种樱属植物中进行检测和遗传多样性分析。结果表明，喜马拉雅樱花基因组共存在113 571个SSR位点（≥5个重复），其中包含53.31%单核苷酸基序，36.64%二核苷酸基序，其余基序类型占比10%。在此基础上共筛选出21个SSR标记，并将其用于观赏樱属植物的遗传多态性评估，结果共检测到215个等位基因，平均每个位点10.24个等位基因，平均杂合度为0.38。采用SSR标记构建的进化树较好地反映了45种供试樱属植物之间的亲缘关系。本研究开发了全新的樱花基因组SSR分子标记，可用于樱属植物的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。

分类号： S685.99

  • 相关文献

[1]丹参基因组SSR的开发及其多态性分析. . 2019

[2]小麦SSR标记的发展及应用. 朱振东,贾继增. 2003

[3]大龙虎泡野生日本沼虾遗传多样性分析. 兰若林,马文智,张立民,孙博,常玉梅,梁利群. 2023

[4]黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)不同生态地理分布群体遗传多样性的微卫星分析. 李大宇,殷倩茜,侯宁,孙效文,梁利群. 2009

[5]基于转录组数据的印度谷螟微卫星位点分析. 唐培安,陶冶心,薛昊,袁明龙. 2017

[6]用微卫星标记鉴定中国小麦品种中及Rht8矮秆基因的分布. 周阳,何中虎,张改生,夏兰琴,陈新民,张立平,陈锋. 2003

[7]鳙鱼微卫星分子标记的筛选. 鲁翠云,孙效文,梁利群. 2005

[8]用微卫星标记鉴定中国小麦品种中Rht8矮秆基因的分布. 周阳,何中虎,张改生,夏兰琴,陈新民,张立平,陈锋. 2003

[9]花生杂交F_1种子真伪的分子鉴定研究. 仇静静,赵钰涵,邓丽,任丽,夏晗,付春,赵传志,王兴军. 2018

[10]区分两个中国李品种的微卫星标记的开发. 薛华柏,乔玉山,章镇,曹尚银,郭俊英,张慧蓉. 2009

[11]基于表达序列标签的微卫星标记(EST-SSRs)研究进展. 李永强,李宏伟,高丽锋,何蓓如. 2004

[12]斑马鱼微卫星分子标记检测鲤鱼种间多态性. 全迎春,梁利群,孙效文,姚昆,雷清泉. 2006

[13]微卫星标记对德国镜鲤选育群体的遗传分析. 李超,鲁翠云,曹顶臣,李崇文,孙效文. 2012

[14]利用微卫星分子标记研究我国16份披碱草遗传多样性. 孙建萍,袁庆华. 2006

[15]微卫星分子标记在入侵生物学中的应用. 褚栋,张友军,丛斌,娄蕴萍. 2006

[16]青虾生长性状相关的微卫星标记筛选. 傅洪拓,万山青,付春鹏,乔慧,吴滟,龚永生,蒋速飞,熊贻伟. 2010

[17]微卫星分子标记在入侵生物学中的应用. 褚栋,张友军,丛斌,娄蕴萍. 2006

[18]微卫星标记及其在动物亲缘关系鉴定中的应用. 张正义,邢秀梅,胡鹏飞,刘松啸,董依萌,鞠贵春. 2018

[19]合浦珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选. 李小宁,张殿昌,朱彩艳,苏天凤,江世贵. 2009

[20]骆驼分子遗传标记研究进展. 韩秀丽,马月辉,叶绍辉. 2009

作者其他论文 更多>>

微信小程序