基于高通量测序的麦红吸浆虫转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 蒋月丽

作者： 蒋月丽;李彤;武予清;苗进;巩中军;段云;刘启航

作者机构：

关键词： 麦红吸浆虫;高通量测序;转录组;生物信息学

期刊名称： 环境昆虫学报

ISSN： 1674-0858

年卷期： 2020 年 01 期

页码： 128-136

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana(Gehin)是一种世界性的小麦害虫。为获得其转录组信息,本研究采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeqTM2000对麦红吸浆虫成虫转录组进行测序。共获得转录组样本数据量为27.88 G,经分析共获得59 257个Unigenes,总长度49 861 164 bp,最短20 bp,最长29 282 bp,平均长度841 bp。将Unigenes序列与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、GO和KOG数据库进行比对(e≤10~(-10)),共获得95 029个结果。通过GO功能分类,共有19 584个Unigenes在GO数据库中细胞组分、分子功能和生物学过程等3大类50个功能组中找到对应。与KOG数据库进行比对,共有11 279个麦红吸浆虫Unigenes被注释,按功能大致可分为26类。通过KEGG pathways分析,共有9 110个麦红吸浆虫Unigenes被注释,分别归属于细胞进程、环境信息进程、遗传信息进程、新陈代谢和有机体系统5大类代谢途径,主要包括细胞生长与死亡、细胞运动、信号转导、能量代谢等32类代谢途径。CDS预测发现30 088条序列可被编码,占全部基因的50.78%。SSR位点查找发现,在59 257个Unigenes中共找到36 323个SSR位点,发生率为61.30%。本研究获得的巨大的麦红吸浆虫转录组信息,为麦红吸浆虫的功能基因挖掘提供了重要的信息资源。

分类号： S435.122

  • 相关文献

[1]中泰南五味子转录组测序及生物信息学分析. 李静宇,徐友阳,蔡时可,王继华. 2022

[2]捕食性益蝽毒腺转录组学分析. 李金梦,苏奇,李文红,汪汉成,田旭,王清,张兴红,董祥立. 2025

[3]基于新一代测序技术的昆虫转录组学研究进展. 张棋麟,袁明龙. 2013

[4]基于高通量测序的山羊卵巢基质、卵泡转录组分析. 陆婷婷,邹娴,杨镇玮,雷放,陈奕业,柳广斌,孙宝丽,刘德武,李耀坤. 2020

[5]红白锦鲤皮肤转录组测序分析. 史东杰,胡金有,王赛赛,朱华,张欣,朱莉飞,孙砚胜. 2019

[6]基于转录组数据的印度谷螟微卫星位点分析. 唐培安,陶冶心,薛昊,袁明龙. 2017

[7]贵紫麦1号籽粒色素形成相关基因的差异表达. 徐熙,任明见,李鲁华,杨喜翠,徐如宏. 2018

[8]基于高通量测序的菟丝子生防菌"鲁保一号"转录组学研究. 李健,李美,高兴祥,房锋. 2021

[9]基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析. 蒋胜理,曲俊杰,周思泓,潘凤英. 2017

[10]黄野螟化学感受基因的鉴定与分析. 李资聪,刘磊,杨斌,严善春,王桂荣. 2021

[11]鱼类转录组学研究概况. 段晓晨,程起群. 2021

[12]基于高通量测序技术的敖鲁古雅驯鹿鹿茸转录组分析. 鞠妍,刘华淼,何金明,王磊,赵佩,张然然,董依萌,董世武,唐丽昕,邢秀梅. 2020

[13]镉胁迫下西瓜的转录组测序分析. 王志伟,李涵,邹甜,孙波,孙小武. 2018

[14]基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究. 贾新平,叶晓青,梁丽建,邓衍明,孙晓波,佘建明. 2014

[15]山羊副流感病毒3型感染MDBK细胞的转录组分析. 钟纯燕,李基棕,毛立,李文良,郝飞,孙敏,刘茂军,主性,嵇辛勤,肖芳,杨蕾蕾,张纹纹. 2019

[16]基于Illumina高通量测序的岩原鲤转录组分析. 龚全,刘亚,赖见生,陈叶雨,杜军. 2016

[17]基于高通量测序技术分析麝香草酚处理禾谷镰孢菌后转录组学的变化. 高弢,史建荣. 2017

[18]传统中草药高通量测序技术RNA-seq及lncRNA挖掘的应用策略. 白晶,李力恒,孙尧,扈韵绮,付博. 2014

[19]遮光性套袋对桃果实转录组的影响. 何平,李林光,王海波,常源升,李慧峰. 2017

[20]一种绿豆柱头外露突变体的转录组分析. 宋梦媛,郭中校,苏禹霏,邓昆鹏,兰天娇,程钰鑫,包淑英,王桂芳,窦金光,姜泽锴,王明海,徐宁. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序