基于SNP标记的胡麻种质资源遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 伊六喜

作者： 伊六喜;牟英男;萨如拉;高凤云;周宇;李志伟;邬阳;陈永胜

作者机构：

关键词： 胡麻;种质资源;遗传多样性;SNP标记

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2025 年 38 卷 006 期

页码： 1229-1236

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]评价269份不同地理来源的胡麻种质资源的遗传多样性,为胡麻种质创新提供依据.[方法]对269份胡麻种质材料进行Hiseq测序开发SNP数据,并进行遗传多样性和群体机构分析.[结果]获得1.3684 Tb有效序列数据,与胡麻参考基因组平均比对率为96.32%,碱基GC含量平均值为38.57%.平均测序深度为12.55 X;通过过滤(deep>=4,miss<0.2,MAF>0.01)检测到1069 106个SNPs,分布在15条染色体上,平均密度为每千碱基2.87个SNP.按花冠形状269份胡麻种质分为漏斗形群体(47)、五角星形群体(117)、碟形群体(93)、轮形群体(12)4个群体.5个地理来源的品种在4个群体中的分布分析结果表明,中国西北品种主要集中在漏斗形群体和碟形群体中,中国华北品种主要集中在碟形群体中,欧洲和亚洲品种主要集中在五角星群体中.群体结构分析表明,最佳分群K值为9,LD衰减数值为15 Kb.[结论]胡麻花冠形状与当地的育种目标和胡麻重要农艺性状有一定关联,有利于形态标记辅助选择.

分类号： S513

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