普通丝瓜GH3基因家族全基因组鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曾美娟

作者： 曾美娟;刘建汀;李祖亮;陈敏氡;叶新如;王彬;朱海生;温庆放

作者机构：

关键词： 普通丝瓜;GH3家族;生物信息学分析;表达分析

期刊名称： 江苏农业科学

ISSN： 1002-1302

年卷期： 2022 年 50 卷 018 期

页码： 82-87

收录情况： 北大核心

摘要： 以普通丝瓜[Luffa cylindrica(L.)Roem.]为试验材料,基于其全基因组,对生长素酰胺合成酶基因(gretchen hagen 3,GH3)家族成员进行鉴定和生物信息学分析,并分析其在普通丝瓜长果品种、短果品种中的表达情况.结果表明,普通丝瓜全基因组中共存在14个GH3基因家族成员,暂命名为LcGH3.1~LcGH3.14,蛋白序列长度为515~843aa,相对分子量在58.366~96.406 ku之间,LcGH3.8、LcGH3.14为碱性蛋白,其他LcGH3蛋白均为酸性蛋白.LcGH3.1为稳定蛋白,其他LcGH3均为不稳定蛋白.14个LcGH3蛋白均是亲水蛋白,其中LcGH3蛋白主要含有10个基序(Motif),14个LcGH3蛋白均含有Motif 1、Motif 4、Motif5、Motif6、Motif7和Motif 9保守基序.系统进化树分析结果表明,14个LcGH3蛋白聚类在GroupⅡ、GroupⅢ2类.在普通丝瓜长果品种、短果品种商品果中,共有6个GH3基因家族成员存在差异表达,其中Lc GH3.1、Lc GH3.2、Lc GH3.5在短果品种中的相对表达量高于长果品种,Lc GH3.8、Lc GH3.12、Lc GH3.13在短果品种中的相对表达量低于长果品种.推测Lc GH3基因家族与普通丝瓜果实发育相关,且与果长密切相关.

分类号： S642.403

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