普通烟草热激转录因子家族的全基因组鉴定与分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭存

作者： 郭存;王奇;李晓旭;张震彪;文利超;邓智超;初雨蒙;刘涛;崔萌萌;郭永峰

作者机构：

关键词： 普通烟草;热激转录因子;共线性;全基因组复制;表达模式

期刊名称： 中国烟草科学

ISSN： 1007-5119

年卷期： 2022 年 003 期

页码： 47-56

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 热激转录因子（heat shock transcription factor, Hsf）家族成员广泛参与植物生长发育和非生物胁迫的调控。本研究应用生物信息学和比较基因组学方法从普通烟草中鉴定了49个Hsf家族成员，发现这些Hsf家族成员均具有较为保守的寡聚化结构域。通过系统进化分析可将烟草和拟南芥的Hsf家族成员划分成3个分支与14个亚家族。共线性分析显示烟草Hsf基因与双子叶植物（拟南芥，番茄和葡萄）Hsf基因组成共线基因对的数量要大于与单子叶植物（水稻和玉米）Hsf基因组成共线基因对的数量。全基因组复制预测共有12个NtHsf基因可组成7条复制基因对。启动子分析发现NtHsf基因启动子区域存在着多个与非生物胁迫相关的顺式作用元件。表达模式分析证实NtHsf家族成员在不同组织的表达具有差异，并且大多数NtHsf家族成员可响应热和干旱胁迫。研究结果可为烟草Hsf转录因子家族成员的功能研究奠定生物信息学基础。

分类号： S572

  • 相关文献

[1]普通烟草ERF转录因子亚家族成员鉴定及表达模式分析. 任昂彦,孔英珍. 2017

[2]普通烟草Dof转录因子家族的全基因组鉴定及分析. 赵振祥,崔露莹,周东波,赵泽玉,张银霞,盖梦琦,解敏敏,蒲文宣,彭宇,李志远. 2022

[3]鲤和草鱼IL17受体基因家族的全基因组识别、起源进化及表达分析. 董传举,张江凡,李胜杰,吕红皂,聂国兴,李学军. 2018

[4]翘嘴鲌血红蛋白基因Hbs的克隆、分子特征及系统进化分析. 祁梅,吴嘉伟,谭凤霞,罗鸣钟,程保琳,张远松,柴毅. 2021

[5]全基因组与串联复制后白菜基因的保留. 方璐,程锋,武剑,王晓武. 2012

[6]点滴复膜酵母兔源分离株基因组测序及比较分析（英文）. 孙洪超,付媛,缪伟,石团员. 2022

[7]禾谷类物作的比较基因组研究. 郑康乐. 1996

[8]建鲤生长性状QTL区间及其与镜鲤同源性比对. 顾颖,鲁翠云,张晓峰,李超,俞菊华,孙效文. 2013

[9]玉米OFP基因家族全基因组鉴定及表达分析. 张彦琴,常建忠,董春林,杨丽莉,张正,杨睿,梁改梅,丁保朋. 2020

[10]三倍化复制对白菜花粉特异表达候选基因的影响. 王晓波,马原,程锋,武剑,梁建丽,王晓武. 2015

[11]作物肥料效应函数模型研究进展与展望. 章明清,李娟,孔庆波,严芳. 2016

[12]白菜硫代葡萄糖甙合成中MAM的进化分析. 刘锦,张冀芳,梁建丽,程锋,武剑,王晓武. 2014

[13]西瓜抗病毒基因zym-CH的比较图谱定位. 徐向丽,郭绍贵,宫国义,许勇,卢向阳,彭振兴,张海英. 2009

[14]普通烟草抗渗透胁迫基因NtP5CS的克隆与表达分析. 焦蓉,刘贯山,刘好宝,王树林,侯娜,王全贞,靳义荣,白岩,冯广林,刘朝科,冯祥国,胡晓明. 2012

[15]普通烟草PMEI家族的鉴定与表达分析. 韩林贺,丁安明,孔英珍. 2018

[16]普通烟草WOX转录因子家族的全基因组鉴定及分析. 李晓旭,郭存,蒲文宣,刘万峰,张银霞,孙楠,何鑫玺,刘成,许良涛,高军平. 2021

[17]抗TMV普通烟中N导入片段的特异分子标记开发与交换单株筛选. 刘勇,黄昌军,陈姝敏,肖炳光,于海芹,袁诚,曾建敏,曹培健,李永平. 2022

[18]烟草基因组学研究方法篇：6。生物信息学在烟草基因组研究中的应用. 龚达平. 2011

[19]普通烟草NtODB基因的电子克隆、表达及生物信息学分析. 陈涛,彭欣怡,覃剑峰,覃旭,吴密,黄锦媛,黄显雅,危丹妮,王丽萍,金刚. 2021

[20]普通烟草MATE基因家族分析及功能预测. 张艳艳,王倩,李晓旭,孙亭亭,龚达平,杨明磊,刘贯山. 2015

作者其他论文 更多>>

微信小程序