文献类型： 中文期刊
第一作者： 杨胜男
作者： 杨胜男;程莉;谈月霞;朱延松;江东
作者机构：
关键词： 宽皮柑橘;褐斑病;分子标记;全基因组关联分析;群体遗传分化指数分析
期刊名称： 中国农业科学
ISSN： 0578-1752
年卷期： 2023 年 018 期
页码： 3642-3654
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 【目的】挖掘宽皮柑橘褐斑病抗性基因及抗病资源中的相关基因型，为柑橘品种抗褐斑病改良提供依据。【方法】在夏秋两季对136份宽皮柑橘离体叶片进行褐斑病病菌接种试验，将两次试验结果取交集，得到121份宽皮柑橘的褐斑病感抗结果。用121份宽皮柑橘表型对前人开发的CAPS进行验证，再对这121份宽皮柑橘的表型结果与利用简化基因组获得的SNP基因型结果进行主成分分析、GWAS分析和Fst分析，获得宽皮柑橘褐斑病抗性相关SNP位点。对通过GWAS获得的SNP进行基因型分析，在所有候选SNP的上下游25 kb范围内选取候选基因，根据phytozome注释对候选基因进行筛选。在感病资源‘秤砣红橘’和抗病资源‘新克里曼丁’接种褐斑病病菌24、48和72 h后，利用实时荧光定量PCR对筛选出的基因进行表达量分析。【结果】发现在121份宽皮柑橘中，温州蜜柑和克里曼丁类等67份资源表现抗褐斑病，大部分红橘和椪柑等54份资源感褐斑病。本研究发现前人开发的CAPS准确率为76.86%，其相关性为中等程度相关。以-log10（P）＞4.5为标准，GWAS筛选出6个强关联SNP；以Fst＞0.38为标准，Fst筛选出8个SNP。GWAS筛选出的6个SNP的基因型与宽皮柑橘抗褐斑病表现为强相关，其中位于3号染色体上24 838 146 bp位置处Ciclev10021676的SNP1基因型对宽皮柑橘抗褐斑病区分能力最强。从14个SNP中筛选出Ciclev10018604、Ciclev10023485、Ciclev10023486、Ciclev10024586和Ciclev10019874等5个基因。这5个基因在‘秤砣红橘’接种病原菌后表达量上调，且都在48 h后表达量达到最高，上调倍数高达90倍。【结论】通过GWAS挖掘出3号染色体上24 838 146 bp位置的SNP与宽皮柑橘褐斑病抗病性相关性最显著，相关系数为0.641。并且该位置的基因型能比较有效地将抗性资源和感病资源进行区分。挖掘到Ciclev10019874、Ciclev10018604、Ciclev10023485、Ciclev10024586、Ciclev10023486等5个调控宽皮柑橘抗褐斑病的候选基因。
分类号： S436.66
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