辣椒VQ基因家族的鉴定与低温胁迫下的表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张亚利

作者： 谢玲玲;欧阳娴;樊悦;罗娟;童巧珍;刘峰

作者机构：

关键词： 辣椒;VQ基因家族;鉴定;低温胁迫表达分析

期刊名称： 湖南中医药大学学报

ISSN： 1674-070X

年卷期： 2016 年 07 期

页码： 11-19

摘要： 目的从辣椒(Capsicum annuum L.)全基因组中鉴定VQ基因,并进行基因结构、基因进化、染色体定位以及组织表达和低温诱导表达分析。方法利用辣椒基因组数据库,通过生物信息学方法,鉴定辣椒基因(Ca VQ)家族成员;利用MEME、GSDS 2.0、DNAMAN8、Map Inspect等软件进行基因结构及染色体定位分析;采用MEGA6.0软件进行系统进化树分析;利用RNA-seq数据及q RT-PCR的方法进行辣椒组织表达模式和低温胁迫分析。结果辣椒全基因组中含有29个Ca VQ基因;Ca VQ基因结构相对简单,不均匀地分布在辣椒各染色体上;Ca VQ基因家族分为2组(GroupⅠ和GroupⅡ)及6个亚组(GroupⅠa、GroupⅠb、GroupⅠc、GroupⅡa、GroupⅡb和GroupⅡc);不同组织中Ca VQ基因的表达量具有一定差异,低温胁迫可抑制或激活部分Ca VQ基因表达量。结论 Ca VQ基因家族包括29个成员,分为2组,6个亚组,分布于10条染色体上,其组织表达模式及基因响应具有多样性。

分类号： S641.3

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