不同芯片密度对华西牛重要经济性状基因组评估准确性的影响

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王元清

作者： 王元清;王泽昭;朱波;陈燕;徐凌洋;张路培;高会江;李超;李俊雅;高雪

作者机构：

关键词： 华西牛;基因组选择;标记密度;育种芯片;中国肉牛基因组选择指数

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2025 年 56 卷 002 期

页码： 591-602

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在基于Illumina BovineHD 770K与Cattle 110K芯片在华西牛中的实际应用情况，系统比较在不同标记密度下基因组选择预测准确性的差异，探索两款芯片在华西牛遗传评估中结合使用方法。本试验以课题组前期构建的华西牛基因组选择参考群体为研究对象，利用重测序数据将3 948头华西牛770K芯片填充至790K后，分别取90K(两款芯片交集)、110K、770K、790K(两款芯片并集)4种标记密度，对华西牛遗传评估所涉及的5个性状(断奶重、育肥期平均日增重、产犊难易度、胴体重、屠宰率)进行遗传力估计，并通过GBLUP模型利用五折交叉验证对基因组评估准确性进行比较，筛选并确定华西牛遗传评估中最适标记密度。结果显示：1)4种标记密度下，估计的华西牛5个性状遗传力差异不显著，断奶重和平均日增重的遗传力为0.47～0.50,属于高遗传力；胴体重为0.37～0.39,属于中等遗传力；产犊难易度和屠宰率性状为0.14～0.21,属于中低遗传力。2)在GBLUP评估模型中，Cattle 110K在各个性状上的预测准确性均表现良好，并较Illumina BovineHD 770K芯片有显著提升(P<0.05),其中胴体重、产犊难易度和屠宰率3个性状提升较为明显，分别提升了14.9%、13.8%和8.4%;断奶重和育肥期平均日增重分别提升2.8%和4.5%。3)各性状预测准确性随着遗传力的升高而增加，不同标记密度的回归系数分别为0.439 2(90K)、0.374 1(110K)、0.413 6(770K)、0.459 3(790K)。因此，在华西牛实际遗传评估中，可直接使用Cattle 110K芯片进行评估，在获得较好评估准确性的同时降低成本。

分类号： S823.2

  • 相关文献

[1]玉米低密度育种芯片开发及在种质资源评价中的应用. 郭子锋,王山荭,刘蓓,李文学,王红武. 2022

[2]液相芯片"黄海芯1号"在凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病抗性基础群体遗传评估中的应用. 刘绵宇,李旭鹏,孔杰,孟宪红,陈美佳,罗坤,隋娟,代平,张雅文,强光峰,谭建,陈宝龙,曹家旺,李波波,赖晓芳,栾生. 2023

[3]华西牛胴体及原始分割肉块重量性状遗传参数估计与全基因组关联分析. 李柯安宁,杜丽丽,安炳星,邓天宇,梁忙,曹晟,杜悦莹,徐凌洋,高雪,张路培,李俊雅,高会江. 2023

[4]不同筛选方法的低密度SNP集合填充准确性比较. 林雨浓,王泽昭,陈燕,朱波,高雪,张路培,高会江,徐凌洋,蔡文涛,李英豪,李俊雅,高树新. 2023

[5]育肥期华西牛蛋白质与能量需要量研究. 张莹,吴兆海,卜登攀. 2022

[6]华西牛与雪龙黑牛背最长肌重量的全基因组关联分析. 杜悦莹,安炳星,邓天宇,杜丽丽,梁忙,李柯安宁,曹晟,高会江,闵令江. 2024

[7]西门塔尔牛与华西牛生长发育和血液理化指标比较分析. 高佳滨,郭艳芹,李成侠,田秋风,庄长楠,倪志阳,陈智勇,赵旭东,鲁英. 2024

[8]华西牛新品种培育及对我国肉牛育种的启示. 张天留,王泽昭,朱波,陈燕,张路培,徐凌洋,高会江,高雪,李俊雅. 2023

[9]肉牛培育品种遗传资源价值评估研究. 马卓,李宏伟,浦华. 2025

[10]华西牛群体生长发育性状遗传参数估计及其遗传进展. 曹晓瑶,汪聪勇,王亭,熊兰玲,于河洋,王泽昭,高会江,李俊雅,朱波. 2025

[11]分子遗传技术在家畜遗传评定中的应用. 狄江,王琼,拉扎提. 2009

[12]基因组选择方法研究进展. 王欣,孙辉,胡中立,徐辰武. 2018

[13]基因组选择及其在水产动物育种中的研究进展. 宋海亮,胡红霞. 2022

[14]猪基因组选择"两步走"策略的计算机模拟评估. 唐振双,殷东,尹立林,马云龙,项韬,朱猛进,余梅,刘小磊,李新云,邱小田,赵书红. 2021

[15]对比Bayesian B等多种方法的大豆全基因组选择应用研究. 唐友,郑萍,王嘉博,张继成. 2018

[16]畜禽基因组选择方法研究进展. 鲍晶晶,张莉. 2020

[17]动物分子育种技术在反刍动物育种中的研究进展. 林秀蔚,韩永胜,王洪宝,丁得利,刘文,姚美玲,李青莹,王艳菲,朱元芳. 2024

[18]基因组选择背景下奶牛体外受精的40年. 蔡高占,张汝美,王亚琴,黄国锋,李俊婷,刘小涛,姚文龙,周浩,李建斌,仲跻峰. 2021

[19]基于基因组选择分析解析中国美利奴羊(OAR2)脱毛症的遗传规律. 李亮,胡登林,罗鹏辉,杨会国. 2022

[20]丹系猪及我国猪遗传育种的研究进展. 袁颖琳,白江松,杜建勇,苏国生,张勤,王晓. 2023

作者其他论文 更多>>

微信小程序