不同芯片密度对华西牛重要经济性状基因组评估准确性的影响

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王元清

作者： 王元清;王泽昭;朱波;陈燕;徐凌洋;张路培;高会江;李超;李俊雅;高雪

作者机构：

关键词： 华西牛;基因组选择;标记密度;育种芯片;中国肉牛基因组选择指数

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2025 年 56 卷 002 期

页码： 591-602

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在基于Illumina BovineHD 770K与Cattle 110K芯片在华西牛中的实际应用情况，系统比较在不同标记密度下基因组选择预测准确性的差异，探索两款芯片在华西牛遗传评估中结合使用方法。本试验以课题组前期构建的华西牛基因组选择参考群体为研究对象，利用重测序数据将3 948头华西牛770K芯片填充至790K后，分别取90K(两款芯片交集)、110K、770K、790K(两款芯片并集)4种标记密度，对华西牛遗传评估所涉及的5个性状(断奶重、育肥期平均日增重、产犊难易度、胴体重、屠宰率)进行遗传力估计，并通过GBLUP模型利用五折交叉验证对基因组评估准确性进行比较，筛选并确定华西牛遗传评估中最适标记密度。结果显示：1)4种标记密度下，估计的华西牛5个性状遗传力差异不显著，断奶重和平均日增重的遗传力为0.47～0.50,属于高遗传力；胴体重为0.37～0.39,属于中等遗传力；产犊难易度和屠宰率性状为0.14～0.21,属于中低遗传力。2)在GBLUP评估模型中，Cattle 110K在各个性状上的预测准确性均表现良好，并较Illumina BovineHD 770K芯片有显著提升(P<0.05),其中胴体重、产犊难易度和屠宰率3个性状提升较为明显，分别提升了14.9%、13.8%和8.4%;断奶重和育肥期平均日增重分别提升2.8%和4.5%。3)各性状预测准确性随着遗传力的升高而增加，不同标记密度的回归系数分别为0.439 2(90K)、0.374 1(110K)、0.413 6(770K)、0.459 3(790K)。因此，在华西牛实际遗传评估中，可直接使用Cattle 110K芯片进行评估，在获得较好评估准确性的同时降低成本。

分类号： S823.2

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