应用16SrDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张建萍

作者： 张建萍;董乃源;余浩滨;周勇军;陆永良;耿锐梅;余柳青

作者机构：

关键词： 水稻田;土壤细菌多样性;16S;rDNA克隆文库;RFLP分析

期刊名称： 生物多样性

ISSN： 1005-0094

年卷期： 2008 年 16 卷 6 期

页码： 586-592

收录情况： CSCD

摘要： 水稻是宁夏地区主要粮食作物，水稻种植也具有维持生态系统平衡，防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品总DNA，构建其16S rDNA克隆文库，用PCR-RFLP分析进一步测序后聚类分析细菌群落的多样性。从稻田十样中分离获得了大于23kb的DNA片段。PCR—RFLP共得到74种酶切带型，序列分析发现77．3％的克隆序列与环境中未培养细菌的16S rDNA序列有较高的相似性，仅有22．7％的克隆序列与数据库中可培养细菌有较高的相似性，表明宁夏稻区土壤中的多数细菌尚未培养。系统发育研究发现74个序列分属于12个类群，其中变形细菌所占比例最大（37．8％），依次为酸杆菌（16．2％）、放线菌（12．2％）、拟杆菌（10．8％）、绿屈挠菌（10．8％）、浮游霉菌（8．1％），另外有少量厚壁菌门、芽单胞菌门和疣微菌门细菌克隆。在变形细菌的序列中包括α、β、γ和δ4个类型，比例分别为13．5％、5．4％、12．2％和6．8％。表明宁夏稻区土壤中优势细菌类群为变形杆菌和酸杆菌，且土壤细菌类群具有丰富的多样性。

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