数字PCR和荧光定量PCR检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数方法的建立及其应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 谢秀菊

作者： 谢秀菊;夏启玉;刘帅;麦贤俊;贾瑞宗;郭安平;徐志胜;李峰;孔祥义;赵辉

作者机构：

关键词： 转基因番木瓜;拷贝数;内参基因;数字PCR;荧光定量PCR

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2024 年 45 卷 004 期

页码： 663-673

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 传统的检测转基因植物中外源基因拷贝数的方法是 Southern杂交,该方法成本高、周期长,难以满足高通量检测外源基因拷贝数的育种需求,因此,本研究旨在建立快速且高通量检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数的方法.本研究从番木瓜基因组中筛选出 2 个单拷贝基因Cpa03g018830 和Cpa03g018770,以已知外源基因为单拷贝整合的转基因番木瓜为参照,利用数字PCR鉴定其拷贝数,进一步以其为内参基因,以番木瓜转基因育种常用的筛选标记基因NPTⅡ为外源目的基因,建立利用数字PCR和荧光定量PCR技术检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数的方法.结果表明:Cpa03g018830 和Cpa03g018770 均为单拷贝基因;建立的数字PCR方法对转基因番木瓜中的外源基因拷贝数的检测准确可靠,而荧光定量PCR对转基因番木瓜中外源基因单低拷贝整合的检测准确度较高,对外源基因多拷贝整合的检测准确度则较低,因此,荧光定量PCR适合用来在大量转基因植株中初筛出单低拷贝整合的植株.本研究鉴定的单拷贝基因Cpa03g018830 和Cpa03g018770 可作为转基因番木瓜中外源基因拷贝数检测的内参基因,且建立的利用数字PCR和荧光定量PCR技术检测转基因番木瓜中外源基因拷贝数的方法,操作简单,速度快,适合批量检测,可为番木瓜转基因抗病育种中单低拷贝株系的选育提供新的方法.

分类号： S667.9

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