番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙亭亭

作者： 孙亭亭;王大伟;龚达平;陈乐;陈雅琼;孙玉合

作者机构： 中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室

关键词： 番茄;B3超家族;生物信息学

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2015 年 16 卷 04 期

页码： 806-814

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因。对番茄B3超家族成员进行了系统进化树分析、染色体定位、结构域分析、组织表达和诱导表达分析等。番茄B3超家族分为LAV、ARF、RAV和REM 4个亚家族,每个亚家族中的数量分别为4、22、9和62个,且在进化树中形成明显不同的分支,每个亚家族都进行了系统进化和结构域分析;番茄12条染色体都含有B3超家族基因;11个成员的表达模式表明,B3超家族同一亚家族成员也具有不同的时空表达模式;在干旱、盐和高温胁迫处理下,部分成员响应强烈并且响应不同的外界信号;而对于ABA处理响应非常弱。本研究将为B3基因超家族成员的生物学功能研究提供参考。

分类号： S641.2

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