草原红牛肝配蛋白A5基因克隆及其在不同组织中的表达研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 薛佳佳

作者： 薛佳佳;秦立红;曹阳;高一;刘理想;李旭;肖成;王晶;张国梁

作者机构：

关键词： 中国草原红牛;EFNA5基因;克隆;生物信息学分析;表达差异

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2021 年 006 期

页码： 1967-1975

收录情况： 北大核心

摘要： 研究旨在克隆中国草原红牛肝配蛋白A5（ephrin A5,EFNA5）基因,并对其进行生物信息学分析,检测EFNA5基因在中国草原红牛不同组织中表达的差异。以中国草原红牛为研究对象,根据GenBank公布的牛EFNA5基因序列（登录号:NM001076432.1）设计引物,PCR扩增获得EFNA5基因的完整编码区（CDS）序列后进行测序验证,利用分析软件进行序列相似性比对并构建系统进化树;分析对应的氨基酸序列蛋白理化特性并预测蛋白亚细胞定位、蛋白亲/疏水性和磷酸化位点;预测蛋白二级结构并构建蛋白三级结构模型;以实时荧光定量PCR法检测EFNA5基因在中国草原红牛各组织中的相对表达量。结果显示:中国草原红牛EFNA5基因与普通牛和美洲野牛相似性最高,分别为100%和99.8%,与羊、人的相似性分别为95.6%、97.2%,与海豚、鸡、马、猕猴、小鼠和猪的相似性较低,分别为83.6%、85.8%、84.5%、84.9%、84.1%、82.8%;EFNA5基因CDS大小为687 bp,编码228个氨基酸,EFNA5基因编码蛋白的分子式为C1183H1791N315O339S13,总原子数为3 641,分子质量为26.266 ku,理论等电点为5.97,不稳定系数为49.66,总平均亲水性为-0.313。磷酸化位点预测分析发现,EFNA5蛋白共有27个磷酸化位点;亚细胞定位结果表明,EFNA5蛋白主要位于细胞质（26.1%）、分泌系统囊泡（27.1%）、细胞核（13.0%）、线粒体（13.0%）、质膜（8.7%）、内质网（4.3%）、高尔基体（4.3%）、细胞骨架（4.3%）及液泡（4.3%）中;二级结构主要由α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲组成,分别占18.9%、30.2%、26.4%和24.5%,与三级结构预测结果相符;EFNA5基因在中国草原红牛不同组织的相对表达量差异较大,在肾脏和胃组织中表达量较高,在肺脏组织中表达量最少。本研究结果可为进一步筛选草原红牛肉质候选基因提供参考。

分类号： S823

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