胡葱黄条病毒内蒙古洋葱分离物全基因组扩增与序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭孟泽

作者： 郭孟泽;张磊;孙平平;廉勇;付崇毅;刘湘萍;王永;李正男

作者机构：

关键词： 胡葱黄条病毒;全基因组序列;系统发育分析;重组分析;遗传多样性分析

期刊名称： 植物病理学报

ISSN： 0412-0914

年卷期： 2025 年 55 卷 005 期

页码： 1037-1047

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过高通量测序技术对内蒙古洋葱产区病毒发生情况进行鉴定，测序结果鉴定到胡葱黄条病毒(shallot yellow stripe virus, SYSV)的发生，随后对161份样品中进行RT-PCR的鉴定，34份样品SYSV阳性，发病率高达21.1%;采用RT-PCR结合RACE技术获得了2条SYSV全基因组序列，分别命名为21IM＿AlCe1和21IM＿AlCe2。序列分析结果表明，21IM＿AlCe1和21IM＿AlCe2长度均为10 429 nt,均编码一个含3401 aa的多聚蛋白。21IM＿AlCe1和21IM＿AlCe2在氨基酸水平上一致率为99.4%;21IM＿AlCe1和21IM＿AlCe2均与吉林分离物SPVG-JL的氨基酸一致率最高(95.8%和95.7%)。重组分析发现，21IM＿AlCe2具有1个显著重组事件。基于完整CP基因的核苷酸序列构建的系统发育进化树结果显示分组与分离物的地理起源存在密切相关性，所有分离物在进化上可以聚为3个亚组。基于完整CP基因的遗传多样性分析结果表明，SYSV分离物受地理分布的影响表现出较高的遗传多样性，其中中国和越南SYSV分离物最为显著。

分类号： S436.33

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