基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库

文献类型： 中文期刊

第一作者： 蒋佩文

作者： 蒋佩文;李敏;张帅;陈作志;徐姗楠

作者机构：

关键词： 鱼类;COI基因;12S rDNA基因;DNA条形码数据库;珠江河口

期刊名称： 南方水产科学

ISSN： 2095-0780

年卷期： 2022 年 003 期

页码： 13-21

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库，为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础，于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾，测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5’端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基因5’端的163～185 bp序列。同时，从GenBank数据库下载珠江河口鱼类COI序列165条和12S rDNA序列128条，共获得172种鱼类的384条COI序列与375条12S rDNA序列，初步构建了珠江河口鱼类条形码数据库。研究发现：COI序列种内平均遗传距离为0.20%，种间平均遗传距离为25.54%;12S rDNA序列种内平均遗传距离为0.12%，种间平均遗传距离为34.39%。基于COI基因的DNA条形码可形成明显的条形码间隙；而基于12S rDNA基因的DNA条形码不能形成明显的条形码间隙，11个物种（占总种类的6.4%）存在区分困难的情况。珠江河口鱼类DNA条形码数据库的建立，有利于推进该河口鱼类生态系统的环境DNA分析，并为珠江河口鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供可靠的技术支持。

分类号： S917.4

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