黄河鲤全基因组选择信号分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王延晖

作者： 王延晖;张芹;王冰柯;张玲;杨兴丽;周晓林;冯建新

作者机构： 河南省水产科学研究院

关键词： 黄河鲤;遗传改良;重测序;选择信号;生长性状

期刊名称： 水产科学

ISSN： 1003-1111

年卷期： 2024 年 43 卷 002 期

页码： 264-272

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 黄河鲤是我国重要的水产养殖鱼类,该类群经过长期的遗传改良后,其基因组上可能存在特定的选择信号,研究这些选择信号是筛选功能基因的重要策略之一.笔者对 2 个黄河鲤遗传改良群体(豫选黄河鲤新品系和福瑞鲤 2 号养殖群体)和 1 个未选育群体进行了全基因组重测序,共获得8 665 728个高质量的单核苷酸多态性(SNP)位点的分型数据,并采用群体间遗传分化指数、核苷酸多态性比值和跨群体复合似然比检验检测受到选择的基因组区域.取前 5%的位点作为受选择位点,选择在多种方法中检测到重叠的区域作为候选区域,并对其进行基因注释.结果显示,在黄河鲤基因组上广泛存在选择信号,与未选育群体相比,两个遗传改良群体分别有 1434 和 1333 个基因受到选择,豫选黄河鲤新品系群体中受选择的基因富集到了细胞发育、心肌收缩、细胞分化、蛋白质糖基化等相关通路上,福瑞鲤 2 号养殖群体的受选择基因则与胚胎骨关节发育、细胞膜融合、神经递质分泌有关.将两个遗传改良群体混合,与未选育群体相比,检测到 2037 个基因受到选择,包括 Fabp2、Acaca、Acsl、Cpt1基因等,这些基因显著富集在脂肪合成代谢相关的通路上,如甘油磷脂代谢、脂肪酸合成、脂肪酸代谢和过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路.试验结果表明,在不同选育群体中受选择的基因组区域具有特异性,同时检测出与脂肪酸合成代谢相关的重要基因在黄河鲤遗传改良群体中受到选择.试验结果为探索黄河鲤生长性状的遗传改良机制提供新的思路,并有助于促进黄河鲤的基因组选择育种应用.

分类号： S965.116

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