基于RAD-Seq技术的大围山微型鸡遗传进化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张会永

作者： 张会永;李国辉;薛倩;周成浩;殷建玫;苏一军;夏树立;韩威

作者机构： 江苏省家禽科学研究所;天津市农业科学院畜牧兽医研究所

关键词： 大围山微型鸡;简化基因组测序(RAD-Seq);遗传进化

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2022 年 49 卷 004 期

页码： 1393-1401

收录情况： 北大核心

摘要： [目的]在分子水平上探讨大围山微型鸡的遗传进化.[方法]以大围山微型鸡与其他18个地方鸡品种及2个国外引进品种为研究对象,每个品种选取公鸡10只,母鸡20只,采血,提取全基因组DNA,进行简化基因组测序(RAD-Seq),鉴定21个品种基因组SNP,计算大围山微型鸡遗传统计量,分析遗传多样性和遗传结构、筛选受选择基因并进行功能富集分析.[结果]在大围山微型鸡群体中鉴定出331 892个SNPs.大围山微型鸡的平均杂合度(Ho)为0.219、核苷酸多样度(Pi)为0.245,近交系数(Fis)为0.107,与其他18个地方鸡种相比遗传多样性呈中度多态.聚类分析发现,大围山微型鸡与瓢鸡、茶花鸡和藏鸡聚为一类,亲缘关系较近,且与瓢鸡的群体分化指数(F.st)最低(0.0929),亲缘关系最近,与河南斗鸡的Fst最高(0.2179),亲缘关系最远.共筛选出200个受选择基因.GO分析结果显示,这些受选择基因主要富集在运动、刺激应答、信号传导等生物学过程;KEGG分析结果表明,这些受选择基因主要富集在代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、MAPK等信号通路.[结论]大围山微型鸡遗传多样性呈中度多态,与瓢鸡亲缘关系最近,本研究筛选出了 200个受到选择的基因,这些基因在代谢、信号传导、颅骨发育等多个方面发挥作用.

分类号： S831.2

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