黑木耳丰度SNP标记开发及应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贾定洪

作者： 贾定洪;刘询;王波;王晓巍;李通;黄礼璟

作者机构：

关键词： 黑木耳;aSNP;VCFtools;种质资源

期刊名称： 生物技术进展

ISSN： 2095-2341

年卷期： 2024 年 14 卷 006 期

页码： 892-901

摘要： 以黑木耳（Auricularia heimuer Dai13782）的基因组作为参考框架，利用NCBI数据库中收录的皱木耳SS5、黑木耳B14-8、毛木耳CCMJ2827及毛木耳ACW001等菌株的基因组为测试数据，通过一系列生物信息学工具（如Bwa、Samtools、Bcftools）分析了黑木耳及近缘种共5个菌株之间的基因组变异情况。利用Tassel 5软件，构建了包含5个菌株在内的亲缘关系矩阵，利用R语言中的Pheatmap包，对这一矩阵进行了可视化处理，直观地展示了这5个菌株之间的亲缘关系。采用VCFtools-0.1.16软件，通过设定300 bp的滑动窗口，筛选出其中单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）数量等于或大于50的丰度SNP(abundance SNP, aSNP)区域。利用Primer 3软件，针对这些aSNP区域设计了47 407对引物。经过e-PCR的严格筛选，发现1 020对引物符合实验设定，涉及8个aSNP区域，每个区域保留1对特异引物，分布在参考基因组的6个重叠群区域。以常用的ITS和LSU作为参考标记，以aSNP标记验证分析13个黑木耳菌株的遗传亲缘关系。结果显示，aSNP标记揭示的系统发育关系大体上与ITS、LSU标记结果一致，甚至能更细致地区分亲缘关系很近的黑木耳菌株。总体上反映出黑木耳菌株与毛木耳亲缘关系相对较近，与皱木耳关系最远，该结果与基于全基因组SNP揭示的亲缘关系结果基本一致，侧面证实了基于aSNP序列分析结果的可靠性。实验开发的aSNP标记序列区间含有丰富的变异位点，有望作为传统ITS、Rpb2、Ef1α等靶标分析序列的有益补充，为黑木耳等种质资源的系统发育及遗传鉴定提供助力。

分类号： S646.6%Q78

  • 相关文献

[1]五个野生黑木耳菌株的驯化栽培及评价研究. 于海洋,盛春鸽,史磊,王金贺,张鹏,王延锋. 2024

[2]黑木耳栽培袋开孔应注意的问题. 修翠娟. 2012

[3]黑木耳菌糠对五种蘑菇的化感效应及栽培技术研究. 王金贺,王延锋,史磊,孙靖轩,刘姿彤,潘春磊,盛春鸽. 2013

[4]黑木耳中不同形态的铬在in vitro系统中生物可给性分析. 李冰茹,左骥民,李杨,刘静,王北洪,何昭颖,马智宏. 2019

[5]管式气氛炉联用HPLC-ICP-MS测定黑木耳中的三价铬和六价铬. 李冰茹,刘静,王北洪,李杨,何昭颖,马智宏. 2019

[6]尚志市黑木耳生产现状和产业发展对策探讨. 冯敏,邓春海. 2018

[7]超声协同果胶酶提取黑木耳糖醛酸工艺优化. 吴俐,汤葆莎,赖谱富,李怡彬,翁敏劼,陈君琛. 2019

[8]黑木耳栽培中不同覆盖材料比较试验. 曾凡清,张大伟,朱强,吴岩课. 2017

[9]新疆阿克苏地区黑木耳产业发展的背景、现状及措施. 赵玉萍,陈娟,雷春军,魏玉强,祁永春,金群力. 2019

[10]紫穗槐培养料对黑木耳质量影响的初步研究. 王超,李淑芳,张永锋,孟德臣,边步云,仝淑萍,王东. 2018

[11]黑木耳“高原云耳1号”选育报告. 姚远,王晖,孙达锋,陈晓艳,孙跃明,罗瑞,王英会,田果廷. 2019

[12]黑木耳单孢杂交菌株选育研究初报. 李红,刘国丽,刘岩岩,张敏. 2019

[13]LED光源不同光质对金针菇、滑菇、黑木耳菌丝的影响. 李红,张敏,肖千明,刘国丽,李超,吕立涛,黄竹青. 2019

[14]黑木耳露地栽培不同划口时间和方式对耳芽分化及产量的影响. 徐全飞,潘天任,聂建军,牛宇,冯婉君,李彩萍,潘保华. 2018

[15]桑枝栽培食药用菌研究综述. 常堃,蔡婧,李军,李世华,胡兴明,莫荣利,李勇,刘杰,李为民,肖艳,田继成. 2017

[16]液体发酵黑木耳多糖的分离纯化及保湿性研究. 范秀芝,殷朝敏,姚芬,史德芳,高虹. 2018

[17]基于ISSR-PCR分子标记的黑木耳遗传多样性分析. 李红,张敏,屈麟,刘国丽,刘岩岩. 2019

[18]阿克苏干旱地区林果园套种黑木耳技术. 蔡为明,叶祥发,范丽军,金群力,冯伟林,宋婷婷,沈颖越. 2018

[19]我国部分地区黑木耳和香菇中硒含量评估. 孙向东,兰静,张瑞英,陈国友,杜英秋,赵琳. 2018

[20]环境对黑木耳品质差异影响分析. 范永鹏,雷虹. 2017

作者其他论文 更多>>

微信小程序