不同生长速率花鲈肌肉转录组分析及生长相关基因筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 范嗣刚

作者： 范嗣刚;杨文燕;黄皓;王鹏飞;赵超;闫路路;张博;邱丽华

作者机构：

关键词： 花鲈;转录组;差异表达基因;GO富集;KEGG富集

期刊名称： 广东海洋大学学报

ISSN： 1673-9159

年卷期： 2022 年 42 卷 005 期

页码： 9-17

收录情况： 北大核心

摘要： [目的]筛选与花鲈肌肉生长相关的基因和信号通路,为揭示花鲈肌肉生长发育的遗传机制提供理论依据.[方法]分别取4尾生长快速[体长(34.22±2.53)cm]和4尾生长慢速[体长(17.46±1.78)cm]的花鲈个体肌肉进行转录组测序.用DESeq2 R软件包筛选差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行GO富集和KEGG富集分析.通过实时荧光定量PCR验证转录组数据的准确性.[结果与结论]测序原始数据经过质量控制和组装共得到137960个unigenes,其中68334个unigenes在Nr中注释成功.获得10552个DEGs,其中2064个DEGs表达量上调,8488个DEGs表达量下调,鉴定出胰岛素样生长因子结合蛋白1基因(IGFBP1)、纤维细胞生长因子基因(FGF)、肌肉生长抑制素基因(MSTN)、生长激素受体1基因(GHR1)等与肌肉生长发育相关的基因.DEGs的GO富集结果显示,与物质和能量代谢相关的条目差异显著.KEGG富集结果显示,糖酵解/合成、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)、脂肪酸降解、精氨酸和脯氨酸代谢等信号通路与肌肉生长密切相关.

分类号： S917.4%Q783

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