榅桲4CL基因的克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨波

作者： 杨波;车玉红;郭春苗;木巴热克·阿尤普;吴津蓉;杜鹃

作者机构：

关键词： 榅桲;4CL;克隆;序列分析

期刊名称： 新疆农业科学

ISSN：

年卷期： 2021 年 006 期

页码： 1055-1063

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】克隆榅桲果肉（Cydonia oblonga Mill）中4-香豆酸辅酶A连接酶（4-coumarate CoA ligase, 4CL）基因,研究其序列特征,为该基因在榅桲果实发育过程中的作用和功能奠定基础。【方法】以榅桲果肉为试材,基于GenBank报道的近缘物种4CL基因cDNA序列,应用Primer Premier 5.0软件设计PCR扩增引物。提取榅桲总RNA,经反转录后合成cDNA,应用RT-PCR方法成功扩增出4CL基因片段并克隆到pMD18-T载体。通过DNAstar软件进行同源序列比对,ClustalX结合MEGA4.1软件构建系统进化树,采用Protparam在线程序分析蛋白质的理化性质,用DNAstar的Protean程序预测二级结构。【结果】榅桲4CL基因其开放阅读框（ORF）序列为1 710 bp,编码570个氨基酸,蛋白分子质量为68.4 kD,与其他物种序列同源性最高达91.99%,进化关系上与水密桃较近;榅桲4CL蛋白为亲水性蛋白,二级结构中以无规卷曲（Random coil）为主,占比达到44.27%。【结论】获得了榅桲4CL基因全长编码区序列,探明了该序列的结构特征。

分类号： S661.9

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