利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记

文献类型： 中文期刊

第一作者： 胡小文

作者： 胡小文;孔冉;刘洋;徐志军;苏俊波

作者机构：

关键词： 甘蔗;SNP分子标记;转录组;开发;主成分分析;群体结构分析

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2022 年 53 卷 009 期

页码： 2527-2536

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]利用转录组测序开发甘蔗SNP分子标记,为甘蔗建立一种高效和低成本的分子标记开发方法.[方法]以40个甘蔗栽培品种为试验材料,使用高通量测序平台获得其转录组数据,经质控后将其匹配到参考基因组,然后使用GATK软件检测和过滤SNP分子标记,并使用snpEff对SNP进行注释及统计分析.利用这些SNP分子标记进行系统发生分析、主成分分析和群体结构分析.最后,开发KASP标记并随机验证其有效性.[结果]转录组数据经质控后平均每个样本获得6.5 Gb的序列.通过变异分析和多重过滤筛选后,共获得220397个注释到染色体上的双等位基因SNP位点,平均密度为3 SNP/kb.SNP类型及分布特征分析结果表明,编码区错义突变与沉默突变的比值(N/S)为1.05,转换类型和颠换类型的比值(Ts/Tv)为1.89,杂合SNP占38.66%~49.91%,位于转录本的SNP比例为44.74%.系统发生分析、主成分分析和群体结构分析结果均表明,甘蔗栽培品种遗传来源较为单一,但群体分化较大.开发了11176个KASP分子标记,并随机合成25组KASP引物进行多态性验证,共有23组(92%)引物能检测到扩增产物,7组(28%)在40个甘蔗材料中呈现多态性,进一步验证了这些标记有效性.[结论]与传统SSR分子标记和基于GBS(Ge-notyping-by-sequencing)简化基因组测序的SNP分子标记开发方法相比,基于转录组测序的甘蔗SNP分子标记开发方法在保证质量和数量的情况下能获得更大比例的有效SNP,更有利于发掘功能SNP位点,为甘蔗分子SNP标记的开发提供了新的途径.

分类号： S566.103.53

  • 相关文献

[1]基于转录组测序的辅助鉴定南方大豆皱叶症分子标记开发. 陈文杰,梁江,韦清源,汤复跃,郭小红,陈渊. 2023

[2]糖厂10月开榨配套技术研究与开发的进展. 邓展云,侯劲凯,刘伟雄,何红,黄其军,周行飞,张日火,陆来明. 2003

[3]甘蔗NBS-LRR类抗梢腐病基因的筛选及定量表达分析. 王泽平,宋修鹏,颜梅新,李毅杰,李翔,张小秋,唐红琴,龙盛风. 2021

[4]多年宿根甘蔗的转录组分析及差异基因挖掘. 程琴,李佳慧,谭秦亮,宋奇琦,朱鹏锦,欧克纬,农泽梅,卢业飞,吕平,周全光,庞新华,彭欣怡. 2024

[5]国内豌豆种质资源形态性状间的相关分析. 李玲. 2012

[6]基于TRAP标记的苹果属种间遗传多样性分析. 索相敏,郝婕,冯建忠,鄢新民,王献革,李学营. 2019

[7]基于SSR分子标记的紫苏种质资源遗传多样性及群体结构分析. 向依,潘金卫,李慧琳,奉斌,杨航,袁婷婷,于二汝. 2024

[8]基于55K SNP芯片揭示小麦育种亲本遗传多样性. 卢茂昂,彭小爱,张玲,汪建来,何贤芳,朱玉磊. 2023

[9]基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究. 王国荣,华为,陈功海,龙周锴,李博,张文英,徐延浩. 2018

[10]基于主成分分析和聚类分析评价141份中蔗优良品系资源. 郭强,江清梅,何洪良,黎正英,梁永检,秦昌鲜,唐利球. 2024

[11]桂糖系列甘蔗种质资源数量性状的主成分分析和聚类分析. 杨荣仲,方锋学,李杨瑞. 2012

[12]26个甘蔗品种苗期耐酸铝性状的综合评价. 曹峥英,蔡文伟,武媛丽,彭李顺,杨本鹏. 2024

[13]灌溉与干旱条件下甘蔗工农艺性状的相关性分析与品种抗旱性评价. 赵俊,白亚东,赵兴东,杨丽华,卢顺才,李秀梅,马云飞,李梅会,王少河,范源洪. 2016

[14]引进甘蔗种质工艺与农艺性状的相关性及聚类分析. 赵俊,吴才文,赵培方,夏红明,暂逢刚. 2012

[15]86份甘蔗种质资源工艺性状的评价. 赵勇,赵俊,昝逢刚,赵丽萍,赵培方,朱建荣,BURNER David M.,吴才文,刘家勇. 2019

[16]基于多元统计分析的甘蔗新品系适应性评价. 郭强,莫建文,江清梅,何洪良,马文清,莫勇武,唐利球. 2023

[17]海南7个区试甘蔗品种抗旱性的主成分分析及综合评价. 王尊欣,蔡文伟,曾军,沈林波,杨乃博,蓝松涛,张树珍. 2014

[18]不同刈割期甘蔗营养成分和生物产量研究及饲用价值评价. 李孟周,王智能,陆鑫,陈浩文,李登宇,范源洪. 2023

[19]基于农艺性状分级对317份甘蔗种质资源的评价. 赵勇,赵培方,胡鑫,赵俊,昝逢刚,姚丽,赵丽萍,杨昆,覃伟,夏红明,刘家勇. 2019

[20]基于主成分与聚类分析的云南甘蔗细茎野生种F_2代的抗旱性综合评价. 俞华先,周清明,安汝东,董立华,桃联安,孙有芳,郎荣斌,边芯,田春艳,经艳芬. 2018

作者其他论文 更多>>

微信小程序