基于转录组测序技术筛选影响蛋鸡产暗斑蛋候选基因的研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杜元军

作者： 杜元军;韩海霞;刘玮;李大鹏;雷秋霞;周艳;刘杰;王杰;李福伟;陈甫

作者机构：

关键词： 蛋鸡;蛋壳暗斑;十二指肠;差异表达基因;转录组测序

期刊名称： 山东农业科学

ISSN： 1001-4942

年卷期： 2023 年 55 卷 012 期

页码： 143-149

收录情况： 北大核心

摘要： 本研究旨在利用转录组测序技术(RNA-seq)筛选鸡十二指肠中与暗斑蛋形成相关的功能基因和信号通路.选取连续产暗斑蛋率低和连续产暗斑蛋率高的济宁百日母鸡各 10 只分别作为对照组和暗斑组,采集十二指肠组织,测定钙代谢相关基因mRNA表达量,利用RNA-seq技术对差异表达基因(differentially ex-pressed genes,DEGs)进行GO(gene ontology)功能注释和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集.结果表明,转录组获得高质量数据 108.75 Gb且所有样本Q30>97%;共筛选得到 471 个DEGs,其中327 个上调,144 个下调,随机选取 7 个DEGs进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,表达趋势与转录组测序结果基本一致;GO功能注释分析筛选到SLC8A3、SLC24A4、SLC9A2 等DEGs主要富集到线粒体钙离子稳态、钠离子跨膜转运和钙离子结合的过程;KEGG通路富集结果显示,GSTT1、GSTO2、GSTA3、CLDN2、CLDN10等DEGs主要富集到细胞色素P450 介导的外源物代谢通路、药物代谢-细胞色素P450、钙信号通路等;与对照组相比,暗斑组十二指肠钙结合蛋白(CALB1)的mRNA表达量显著下降(P<0.05).综上,蛋鸡十二指肠中GSTT1、GSTO2、GSTA3 基因的上调和SLC8A3、SLC24A4 等基因的下调是影响暗斑蛋形成的关键因素,钙信号通路在暗斑形成中发挥了重要作用.本研究为暗斑蛋的机理研究提供了基础材料.

分类号： S831.2%Q78

  • 相关文献

[1]鸡EGFR基因的功能分析及其对颗粒细胞中基因表达的影响研究. 陈林,王家乡,吴艳,皮劲松,蒲跃进. 2025

[2]基于子宫黏膜转录组研究调控蛋鸡产蛋后期蛋壳质量相关的基因和信号通路. 邵丹,瞿源,刘良基,童海兵. 2025

[3]表皮生长因子对蛋鸡十二指肠生长发育的影响. 吕翔宇,周峰,王家乡,吴艳,皮劲松. 2024

[4]双孢蘑菇6个菌株不同发育阶段的转录组分析. 施肖堃,卢园萍,蔡志欣,郭仲杰,陈美元,廖剑华. 2019

[5]基于转录组学的不同色系蝴蝶兰花色苷差异积累分析. 张加强,史小华,刘慧春,马广莹,邹清成,朱开元,周江华,毛军铭. 2018

[6]基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因. 张会永,吴井生,杨剑波,俞燕,薛倩,殷建玫,朱云芬,朱静,苏一军,李国辉,韩威. 2020

[7]鸭胚胎发育中后期胸肌发育阻滞的RNA-seq分析. 刘宏祥,徐文娟,朱春红,陶志云,宋卫涛,章双杰,李慧芳. 2018

[8]基于瘤胃转录组探究双峰驼沙漠适应性分子机制. 方艳,周俊文,关伟军,蒋琳,浦亚斌,赵倩君,何晓红,马月辉. 2021

[9]利用RNA-Seq技术分析草鱼生长性状相关基因和SNP标记. 孙雪,李胜杰,姜鹏,杜金星,周家辉,白俊杰. 2021

[10]芝麻根系响应铝胁迫的比较转录组分析. 梁俊超,赵云燕,颜小文,颜廷献,王郅琪,孙建,饶月亮,周红英,乐美旺. 2023

[11]鸭胚胎发育中后期胸肌发育阻滞的RNA-seq分析. 刘宏祥,徐文娟,朱春红,陶志云,宋卫涛,章双杰,李慧芳. 2018

[12]基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因. 郭静文,史晓蕾,刘茜,赵青松,邸锐,刘兵强,闫龙,王凤敏,张孟臣,赵宝华,杨春燕. 2019

[13]哈茨木霉Th-33厚垣孢子形成过程的转录组变化分析. 李梅,张林,庞莉,孙青,蒋细良. 2015

[14]基于转录组测序筛选鸡皮肤毛囊性状相关基因和关键通路. 陈春,魏岳,黄聪,黎观红,谢金防,武艳平. 2023

[15]不同磷酸盐浓度下浮游虫黄藻的转录组比较分析. 李月,王云龙,欧阳珑玲. 2022

[16]长日照条件下2个热带玉米自交系的转录组差异分析. 高媛,王小利,涂亮,刘鹏飞,郭向阳,王安贵,祝云芳,吴迅,陈泽辉. 2022

[17]野生稻基因导入系W6023对白叶枯菌的抗谱及转录组差异表达基因分析. 张明伟,徐飞飞,郝巍,王春连,赵开军. 2017

[18]桃响应葡萄座腔菌侵染的转录组学分析. 刘勇,王富荣,王会良,艾小艳,朱炜,孙中海,吕亮,龚林忠,何华平. 2024

[19]转录组测序技术在猪繁殖与呼吸综合征病毒研究中的应用. 梁婉,周丹娜,彭忠,杨克礼,段正赢,郭锐,刘威,吴斌,陈文杰,孟丽,田永祥. 2019

[20]红望天眼金鱼皮肤变色机制的转录组学分析. 李荣妮,王赛赛,田仲,孙砚胜,张博,张欣. 2022

作者其他论文 更多>>

微信小程序