马铃薯基因组编码区域 SSR 位点的分布、特征和所编码蛋白功能分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙亭亭

作者： 孙亭亭;王大伟;陈乐;王卫峰;龚达平;陈雅琼;孙玉合

作者机构：

关键词： 马铃薯;SSR;简单重复序列;基因编码区;生物信息学

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 1 期

页码： 171-177

收录情况： CSCD

摘要： 在不同物种中,微卫星(simple sequence repeats,SSR)序列的数目、类型及其分布情况有很大差异。本研究利用 Perl 语言开发用于探寻编码区 SSR 位点的程序,并用 SSRHunter 软件验证,来分析马铃薯基因组编码区中 SSR 位点的分布情况。结果显示:在马铃薯的56218条编码区序列中,检索到2920条共含有3512个 SSR 位点的序列,其中2519条序列只含有一个 SSR 位点(占86%);含三核苷酸、六核苷酸重复单元的 SSR 数目最多,分别为2358和1075个,两者占总数的98%,其他类型的重复单元出现次数较少;构成微卫星序列的不同重复单元有603个;六个核苷酸的重复单元重复次数一般最少为三个,三核苷酸 GAA 重复单元重复次数最高,为193次。在自然选择规律下,编码区中 SSR 序列长度趋向于密码子的整数倍。运用Pfam 数据库对含有 SSR 的编码序列进行功能分类,其中最多的是 RPW8抗性蛋白功能。可利用 SSR 序列的特异性,筛选马铃薯不同物种的相关编码序列。

分类号：

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