大白菜和甘蓝热激转录因子基因家族鉴定及比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄小云

作者： 黄小云;陶鹏;王五宏;李必元;岳智臣;雷娟利;钟新民

作者机构：

关键词： 大白菜;甘蓝;热胁迫;热激转录因子;生物信息学;系统发育关系

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2014 年 12 卷 02 期

页码： 296-305

收录情况： CSCD

摘要： 热激转录因子(heat shock transcription factors,Hsfs)是调节植物响应高温胁迫的主要因子,参与调节热激蛋白(heat shock protein,Hsp)的表达,对植物抵抗高温逆境等生命活动具有关键作用。本研究以大白菜和甘蓝基因组数据为基础,利用生物信息学方法对大白菜和甘蓝整个基因组的Hsf基因家族进行鉴定与分析。结果表明,大白菜至少含有30个Hsf基因成员,蛋白长度在239~487氨基酸之间;甘蓝至少含有36个Hsf基因成员,蛋白长度在219~495氨基酸之间。序列比对发现,大白菜和甘蓝Hsf基因都具有高度保守的DBD(DNA binding domain)结构域和广泛的保守基序;染色体定位发现,大白菜和甘蓝Hsf基因家族成员广泛的分布在各染色体上。此外,对拟南芥、大白菜和甘蓝Hsfs的系统发育分析表明,这些Hsf基因家族成员可以分为A、B、C三类,A类和B类可进一步分为8个和4个亚类,A类Hsfs的保守性明显高于B类和C类。系统发育树还揭示了在这三个物种中,共存在28对直系同源基因和2对旁系同源基因,表明Hsf转录因子在大白菜、甘蓝和拟南芥基因组中具有广泛的共同祖先,Hsf基因家族的多样化存在于十字花科植物分化之前,并且在甘蓝基因组中发生了基因重复。

分类号： S634.1`S635

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