芸薹属作物TT8基因鉴定与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈镇

作者： 陈镇;何晓莹;任静;俎峰;赵凯琴;李根泽;黄晓霞;程小毛

作者机构：

关键词： 芸薹属;TT8基因;生物信息学;sgRNA

期刊名称： 西南林业大学学报(自然科学)

ISSN： 2095-1914

年卷期： 2022 年 006 期

页码：

摘要： 为探明芸薹属作物TT8基因的序列特征和基因组组成，以拟南芥TT8基因为种子序列，利用BLAST工具对芸薹属作物（白菜、甘蓝、甘蓝型油菜、芥菜、黑芥）TT8同源基因进行系统鉴定，对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。结果表明：在芸薹属作物中共鉴定出7个AtTT8同源基因，其中甘蓝型油菜2个、白菜1个、甘蓝1个、芥菜2个、黑芥1个。芸薹属作物7个TT8基因的基本理化性质、亚细胞定位和蛋白三级结构等均无明显差异；氨基酸序列高度相似，均属bHLH超家族，其中甘蓝型油菜两个TT8同源拷贝分别同白菜与甘蓝聚为一类，亲缘关系紧密；sgRNA分析获得了4条在7个AtTT8同源基因中均高度保守存在的sgRNA位点，推测与TT8基因功能高度相关。最后，本研究还分析43份甘蓝型油菜种质材料的重测序数据，在甘蓝型油菜TT8两个同源基因中共检测到11个多态性位点，包括4个SNP和7个InDel，总频率分别为0.001 09和0.001 99，均位于5’UTR区。

分类号： Q943.2

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