雷蒙德氏棉和亚洲棉SSR重复序列类型和丰度差异比较

文献类型： 中文期刊

第一作者： 董薇

作者： 董薇;杜雄明;赖童飞

作者机构：

关键词： 雷蒙德氏棉;亚洲棉;EST拼接;SSR丰度

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2008 年 20 卷 06 期

页码： 418-424

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)的EST序列共计64.08Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异。结果表明:拼接后的一致性序列中,亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇;亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大;亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉,但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉;两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同。因此,认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的SSR引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异。对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中SSR的差异分析,为SSR标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息。

分类号： S562

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