文献类型： 中文期刊
第一作者： 熊发前
作者： 熊发前;刘俊仙;刘菁;阳太亿;贺梁琼;蒋菁;韩柱强;唐秀梅;钟瑞春;吴海宁;黄志鹏;唐荣华
作者机构：
关键词： 花生;Ty3-gypsy类逆转座子;逆转录酶;异质性
期刊名称： 基因组学与应用生物学
ISSN： 1674-568X
年卷期： 2022 年 004 期
页码： 862-876
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 植物长末端重复（long terminal repeat, LTR）逆转座子具有普遍性、高拷贝、高异质性和插入多态性，适合开发成分子标记。本研究从栽培种花生（Arachis hypogaea）基因组中获得Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶基因序列，分析其特点和差异，为基于LTR逆转座子的分子标记开发奠定基础。利用根据Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶基因保守区设计的简并引物对栽培种花生‘桂花1026’品种的基因组DNA进行PCR扩增，目的条带经回收、克隆和测序后，对获得序列进行生物信息学分析。克隆到27条逆转录酶基因序列，序列长度皆为432 bp, AT所占比例为55.32%～66.90%,AT与GC比值为1.24～2.02,核苷酸序列间相似性为44.90%～98.80%,呈现较高异质性；聚类分析后，27条基因序列分为3个家族，家族Ⅰ是主要成分；27条编码蛋白序列的基因中有10条发生了无义突变；基因编码蛋白序列间相似性为34.50%～97.90%,呈现高度异质性；除AhRT2-4外，各基因编码蛋白序列间保守基序完全一致；对栽培种花生和其他物种植物的Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列构建系统进化树，进化树显示所有序列被分为6类，其中，Ⅰ类包含19条其他植物物种和1条栽培种花生的序列，Ⅱ类包含8条其他物种和7条栽培种花生的序列，表明栽培种花生逆转录酶序列具有较高的保守性，栽培种花生逆转录酶基因编码蛋白序列与绿豆（Vigna radiata）、枣（Ziziphus jujuba）、黄瓜（Cucumis sativus）、油棕（Elaeis guineensis）、火龙果（Hylocereus undatus）等植物的逆转录酶序列亲缘关系较近，表明不同植物的Ty3-gypsy逆转座子之间可能存在着水平基因转移；通过比对花生EST数据库，发现了4条具有转录活性的栽培种花生Ty3-gypsy类逆转座子。本研究所获得的逆转录酶基因序列可为栽培种花生Ty3-gypsy逆转座子的分子标记开发利用及分子育种奠定一定基础。
分类号： S565.2
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