甘薯、番茄和拟南芥中丝氨酸羟甲基转移酶基因家族功能研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵玉琪

作者： 赵玉琪;周志林;唐君;姚改芳;胡康棣;张华

作者机构：

关键词： 丝氨酸羟甲基转移酶(SHMT);生物信息学分析;甘薯;拟南芥;番茄

期刊名称： 合肥工业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1003-5060

年卷期： 2022 年 12 期

页码： 1705-1714

收录情况： 北大核心

摘要： 丝氨酸羟甲基转移酶(serine hydroxymethyltransferase, SHMT)普遍存在于植物中，在高等植物的一碳代谢和光呼吸过程中起着重要作用，然而该家族在甘薯中的功能尚不清楚。文章通过同源比对获取甘薯、番茄、拟南芥中21个SHMT基因家族的信息，通过系统进化树分析，发现21个SHMT蛋白形成4个分支；利用蛋白motif分析、蛋白结构域分析、基因外显子内含子结构分析、蛋白的二级结构和三级结构预测、蛋白质理化性质分析、核定位序列(nuclear localization sequence, NLS)、亚细胞定位分析预测，发现蛋白高级结构和基因结构在同一分支内更为保守，即同源性越高的蛋白，其结构、性质更为接近。通过对番茄中SHMT基因进行表达量分析，发现SHMT基因可能在番茄种子发育、开花、果实成熟方面发挥作用。另外，通过对拟南芥SHMT(AtSHMT)家族在胁迫条件下的表达水平进行分析，推断多个AtSHMT基因对胁迫尤其是盐胁迫、冷胁迫、热胁迫产生应答，表明SHMT基因家族在胁迫应答中起到调控作用。综上，文章将甘薯、番茄、拟南芥中SHMT基因家族的生物信息学分析及基因表达数据进行了挖掘，对深入研究SHMT基因在甘薯、番茄、拟南芥中的作用具有重要意义。

分类号： Q943.2

  • 相关文献

[1]甘薯、番茄、拟南芥中SPL转录因子的生物信息学分析. 荣誉磊,周志林,赵冬兰,唐君,彭湘君,赵玉琪,宗凯,吕亚宁,姚改芳,胡康棣,张华. 2021

[2]番茄SBP基因家族的全基因组鉴定、结构特征及表达分析. 万红建,袁伟,俞锞,刘云飞,李志邈,叶青静,王荣青,阮美颖,周国治,姚祝平,杨悦俭. 2013

[3]拟南芥抗病基因FLS2和LysM的亚克隆及其在番茄中的表达. 陈武,杨玉婷,李颖,黄三文,黎定军. 2009

[4]微型反向重复转座元件(MITE)靶区域扩增多态性:一种基于MITE的分子标记方法在水稻及其他植物上的应用. 马忠友,苏京平,孙林静,刘学军,王春敏,王胜军,曾斌,梁永书,闫双勇. 2007

[5]植物SHMT基因家族研究进展. 倪弦之,柏浩东,韩进财,罗丁峰,李祖任,胡一鸿,金晨钟. 2021

[6]甘薯CLE多肽家族的全基因组鉴定和IbCLE12的克隆及抗旱性表达分析. 周媛媛,赵春玲,侯夫云,李爱贤,秦桢,王庆美,董顺旭. 2023

[7]甘薯果糖-1,6-二磷酸醛缩酶5基因(IbFBA5)的克隆与生物信息学分析. 苏在兴,李强,唐维,刘亚菊,后猛. 2015

[8]甘薯PAL基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析. 王崇,兰孟焦,肖满秋,潘皓,邓佳祺,吴问胜. 2025

[9]番茄WOX转录因子家族的鉴定及其进化、表达分析. 李晓旭,刘成,李伟,张增林,高晓明,周慧,郭永峰. 2016

[10]番茄GAD基因家族鉴定与表达分析. 安翠环,黄春贵,郭泽安,甘桂云,荆子桓. 2025

[11]拟南芥低温诱导cor15a基因的启动子克隆及在转基因马铃薯中的表达. 朱青,宋波涛,柳俊,谢从华. 2004

[12]WRKY35转录因子的cDNA克隆与植物表达载体的构建. 伍林涛,杜才富,邵明波. 2010

[13]AtRGS1-GFP融合蛋白对AtRGS1细胞定位的研究. 季芳芳,陈云,吴晓霞,梁建生,顾闽峰. 2008

[14]KOR调控内切-1,4-β葡萄糖酶在植物生长发育的作用. 刘忠丽,丁忠尧,吕晓兵. 2014

[15]DOF转录因子AtDof1.7RNA干扰载体的构建及拟南芥的遗传转化. 尹明智,官梅,肖钢,李栒,官春云. 2011

[16]芸薹属作物脂肪酸链延长酶基因(FAE1)拷贝数和序列变异分析. 李柱刚,崔崇士,曹鸣庆,马荣才. 2006

[17]植物成花调控的分子遗传学. 曹秋芬,孟玉平,孙毅,程林梅,王卉,黄静,王亚力,张一萍. 2003

[18]外源糖对拟南芥AtRGS1蛋白缺失突变体种子萌发及幼苗生长的影响. 季芳芳,顾闽峰,陈云,郑佳秋,万林生. 2012

[19]拟南芥AtBT4对灰葡萄孢的抗性机制分析. 郝丛丛,杨萍,陈展,贾娇,赵斌,司贺龙,韩建民,邢继红,董金皋. 2013

[20]拟南芥低温黑暗发芽基因鉴定及QTL定位. 孟平红,杨正安,万发香,李苍山,张兴国. 2012

作者其他论文 更多>>

微信小程序