外源褪黑素诱导下Hippo信号通路调控山羊绒生长mRNA和lncRNA的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贾纯琰

作者： 贾纯琰;付绍印;丽春;张文广

作者机构：

关键词： 绒山羊皮肤;褪黑素;RNA测序;Hippo信号通路;候选基因集

期刊名称： 中国农业大学学报

ISSN： 1007-4333

年卷期： 2023 年 005 期

页码： 128-139

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为分析绒山羊皮肤中受Hippo信号通路调控的绒生长候选基因集，本研究选取6只罕山白绒山羊随机分为对照组和褪黑素处理组，每组设3个重复。以自然年为试验周期，每月采集皮肤样本进行RNA测序，使用Bowtie、TopHat、Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、Cuffcompare、CPAT和CPC软件分析DE-mRNA和DE-lncRNA,联合PCA分析它们对次级毛囊生长周期的应答，利用WGCNA挖掘调控山羊绒生长的基因模块，GSEA分析候选基因集的生物学功能。结果表明：1)筛选得到组间DE-mRNA 2 024个和DE-lncRNA 329个，它们应答了绒山羊皮肤次级毛囊的生长周期。2)获得有生物学意义的对照组7个和试验组9个基因模块。3)深入分析富集到平衡哺乳动物皮肤生长分化、毛囊形态发生的Hippo信号通路基因模块，揭示了外源褪黑素诱导下调控山羊绒生长候选基因集191个mRNA和49个lncRNA的共表达调控网络关系。4)发现候选基因集与皮肤发育生物学过程（|NES|＞1且FDR＜25%）、Hippo信号通路（|NES|＞1且FDR＜25%）、Wnt信号通路（|NES|＞1且FDR＜25%）和细胞周期（|NES|＞1且FDR＜25%）显著关联。综上，确定了调控山羊绒生长的关键通路Hippo信号通路，在组学水平从基因集角度解析了调控山羊绒生长的mRNA和lncRNA的共表达调控关系，为进一步研究外源褪黑素促山羊绒生长的机制提供参考。

分类号： S827

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