基于转录组测序的兴国红鲤微卫星标记筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 岳华梅

作者： 岳华梅;翟晴;宋明月;叶欢;杨晓鸽;李创举

作者机构：

关键词： 兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singuonensis);高通量测序;微卫星标记

期刊名称： 淡水渔业

ISSN： 1000-6907

年卷期： 2016 年 46 卷 01 期

页码： 24-28

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用Illumina高通量测序技术,对兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singuonensis)垂体和性腺等组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示:共获得13 652个微卫星标记,对所得位点进行分类,单核苷酸重复类型占47.86%,二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为34.43%、16.32%、1.25%、0.12%以及0.02%。随机选取30个SSR位点进行PCR验证,有20对可以扩增出清晰稳定的条带。在24个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为9对。不同位点得到的等位基因范围为2~4,平均等位基因数为3.111 1±0.993 8,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)以及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.597 2±0.233 2、0.539 7±0.178 0和0.467 2±0.172 1。9个微卫星位点中,有4个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)(P<0.05)。Illumina高通量测序提供了一种直观、高效开发微卫星标记的方法,所选兴国红鲤群体遗传多样性维持较好。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]基于高通量测序的青石斑鱼基因组微卫星开发及评价. 高峰涛,邵长伟,崔忠凯,王升鹏,魏敏,陈松林,杨官品. 2017

[2]基于RAD-seq技术的长体圆鲹二、三核苷酸重复微卫星标记开发与评价. 孔啸兰,李敏,陈作志,龚玉艳,张俊,张鹏. 2019

[3]牙鲆3个养殖群体遗传结构的微卫星分析. 邵长伟,廖小林,田永胜,陈松林. 2009

[4]利用极端材料定位水稻粒形性状数量基因位点. 张强,姚国新,胡广隆,汤波,陈超,李自超. 2011

[5]SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析. 赵庆勇,朱镇,张亚东,赵凌,陈涛,张巧凤,王才林. 2009

[6]微卫星标记在草原红牛遗传育种中的应用. 李向阳,张嘉保,赵玉民,胡成华,杨国忠. 2004

[7]利用微卫星标记对羊进行亲子鉴定. 粟朝芝,韩雪. 2015

[8]利用微卫星标记对两个世代百宜黑鸡遗传多样性的研究. 王文涛,阳光远,周时均. 2013

[9]仿刺参微卫星标记的筛选及群体遗传结构分析. 潘传燕,臧云鹏,廖梅杰,王印庚,荣小军,张正,李彬,陈贵平. 2012

[10]微卫星标记在鲟鱼分子遗传学研究中的应用. 刘伟,孔杰,王霞. 2017

[11]基于微卫星的分子标记技术在植物中的应用. 张明均,李辰琼,陈琴,钟理,杨春燕. 2011

[12]磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记. 孔杰,蒋晓红,周洲,张竹青,周路,李道友. 2016

[13]小麦背景中源于长穗偃麦草抗白粉病基因的分子定位. 贺润丽. 2008

[14]高产大豆品种淮豆11的遗传组成分析. 杨加银,徐海风,程保山. 2016

[15]中粳水稻品种资源的遗传多样性Ⅱ.黄淮稻区近期育成品种的SSR多样性比较. 徐大勇,钟环,周峰,卢百关,樊继伟,方兆伟,秦德荣,万建民. 2010

[16]26份菜用大豆品种(系)指纹图谱的构建及其遗传多样性分析. 徐海风,杨加银,程保山. 2014

[17]黄淮海地区夏大豆品种(系)指纹图谱的构建及其遗传多样性分析. 徐海风,程保山,杨加银,沈业松. 2014

[18]利用SSR标记和表型性状聚类分析食味优良粳稻多样性. 李金州,朱镇,张亚东,赵凌,王才林. 2009

[19]5个粳稻杂交组合及亲本的SSR多态性分析. 程保山,杨加银,洪德林. 2010

[20]不同国家水稻品种的遗传多样性分析. 马作斌,王昌华,王辉,付亮. 2014

作者其他论文 更多>>

微信小程序