通过分子动力学模拟方法研究c-Myb在mim-1启动子区域伪回文序列的结合特性揭示DNA特异性识别机制（英文）

文献类型： 中文期刊

第一作者： 翁金如

作者： 翁金如;杨朔;沈金康;刘宏森;许煜梓;郝东云;王杉

作者机构：

关键词： c-Myb;DNA特异性识别机制;分子动力学模拟;DNA大沟宽度;静电势

期刊名称： Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)

ISSN： 1673-1581

年卷期： 2023 年 10 期

页码： 883-902

收录情况： SCI ; CSCD

摘要： 本研究旨在探索c-Myb转录因子在调控细胞早期分化和增殖过程中的DNA特异性识别机制。我们以鸡髓系基因mim-1为研究对象，研究其潜在双c-Myb结合位点的结合特异性。mim-1的c-Myb结合位点是一个伪回文序列AACGGTT，正反方向分别包含1个c-Myb结合保守序列AACNG。不同条件下的重复分子动力学模拟研究表明，c-Myb与mim-1正链的结合（复合物F）比与反链的结合（复合物R）更稳定。主成分分析（PCA）动力学轨迹分析表明，在330 K温度下，c-Myb识别螺旋R2和R3(R2R3)的开放运动导致复合物R中DNA与c-Myb解离，且此开放运动是由R2R3表面静电势降低引起。同时，DNA构象和氢键相互作用分析表明，复合物R中DNA的大沟宽度增加影响了R2R3与DNA间的氢键形成，直接导致DNA与R2R3的解离。拉伸分子动力学模拟研究进一步表明，静电势、DNA大沟宽度和氢键对DNA特异性识别起到重要作用。体外实验证实了计算模拟结果，即c-Myb只与mim-1正链结合。本研究表明，除一维保守序列AACNG外，三维结构特性对c-Myb的DNA特异性识别也起着重要作用。本研究结果有助于理解c-Myb在细胞早期分化和增殖中的调控机制，以及预测开发由c-Myb结合位点增多引起的肿瘤发生标志物。

分类号： Q75

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