基于RAD-seq数据开发烟草多态性SSR标记

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李海洋

作者： 李海洋;李荣华;夏岩石;袁清华;张振臣;赵伟才;郭培国

作者机构：

关键词： 烟草;RAD-seq;SSR标记;多态性

期刊名称： 中国烟草科学

ISSN： 1007-5119

年卷期： 2018 年 01 期

页码： 1-9

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用RAD-seq技术对两份烟草材料"118-3"和"粤烟98"进行简化基因组测序,分别获得45 119 346和50 360 738个高质量干净读长(HQ clean reads)。通过序列分析,在22 145个reads覆盖的参考基因组序列中共检测到25 343个SSR位点,其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富,占总SSR位点的71.59%;除单核苷酸类型外,SSR基序的重复次数主要集中在4~9之间。根据SSR位点两翼的序列,利用Primer 3.0成功设计出23 346对SSR引物,引物设计的成功率为92.12%。依据测序数据初步发现这些SSR中有323个(1.38%)SSR在两份测序材料间具有多态性,随机选择其中50个SSR在4份烟草材料中进行验证,结果发现在两份测序材料间的多态率为76%,存在24%的假阳性;在另两份烟草材料中多态率为20%。研究结果表明,利用简化基因组测序技术能够开发大量SSR标记和发现样品间具有多态性的SSR标记,可为SSR标记的开发和应用提供基础。

分类号： S572

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