植物病原细菌(Ralstonia solanacearum)染色体基因组分泌信号肽计算机分析
文献类型: 中文期刊
第一作者: 周晓罡
作者: 周晓罡;丁玉梅;张绍松;孙茂林;李建平
作者机构:
关键词: Ralstonia solanacearum;GMI1000;染色体基因组;分泌信号肽
期刊名称: 西南农业学报
ISSN: 1001-4829
年卷期: 2008 年 21 卷 02 期
页码: 340-345
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 应用SignalP 3.0、TMHMM 2.0、THUMBUP、big-PI、TargetP1.01、Lipop 1.0、TatP 1.0等7种软件对植物病原细菌Ralstonia solanacearum GMI1000染色体基因组3448个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,该物种染色体基因组分泌信号肽ORFs有178个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于Ⅰ型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肽。在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于Ⅰ型信号肽,2个属于Ⅱ型信号肽。通过软件预测未发现Comc型信号肽与细菌素-信息素型信号肽结构。在染色体分泌信号肽ORFs中,有116个具可预测功能,其余62个为功能未知的推定蛋白。已知功能主要集中于细胞代谢、细胞调控及转运、细胞膜结构等领域,这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作,相互适应的结果。
分类号: S432.4
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