基于苋菜转录组的TCP基因家族成员鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 安子贤

作者： 安子贤;李宜轩;郑友峰;肖昉;王乐;陈何;赖钟雄;牟建梅;刘生财

作者机构：

关键词： 苋菜;TCP转录因子;基因家族;生物信息学分析;表达

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2022 年 37 卷 007 期

页码： 869-879

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]基于大红苋菜转录组数据库,对苋菜TCP基因家族成员进行筛选鉴定,为深入探讨苋菜TCP基因家族对苋菜生长发育及非生物胁迫响应提供参考.[方法]在转录组数据库中,筛选鉴定TCP基因家族成员,并对其进行生物信息学分析;在不同条件处理下培养苋菜幼苗,并利用qRT-PCR技术分析其在不同处理下的表达模式.[结果]苋菜TCP基因家族有14个成员,全部定位于细胞核;AtrTCP蛋白质长度在230~721 aa区间内,预测相对分子量为25.25~78.57 kD,等电点为6.15~9.45,包含15个保守基序;除AtrTCP11为稳定蛋白外,其余均为不稳定蛋白;miRNA预测到两个AtrTCP家族成员AtrTCP2和AtrTCP6为miR319靶基因.qRT-PCR结果显示:在盐溶液不同浓度(0、50、100、200 mmol·L-1)处理下,该基因家族具有不同的表达模式;在蓝光处理下,AtrTCP10基因表达量上调达到了显著水平;AtrTCP2、AtrTCP3、AtrTCP8、AtrTCP9、AtrTCP11和AtrTCP13表达量下调达到了显著水平;在不同铵硝比(0∶0、0∶10、3∶7、5∶5、7∶3、10∶0)处理下,TCP基因家族各成员表达模式不同,其中,AtrTCP3参与整个氮代谢过程;在苋菜各部位进行qRT-PCR分析发现:AtrTCP3、AtrTCP12在叶片中高表达,其余家族成员均在根部的表达量较高.[结论]在不同条件处理下,苋菜TCP基因家族各成员表达模式不同,表明苋菜TCP基因家族各成员可能广泛参与非生物胁迫.

分类号： S636.4

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