sRNA RybB缺失后沙门氏菌的转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨婉

作者： 杨婉;潘永;杨阳;张家莉;令狐远凤;陈世雄;杨琦

作者机构：

关键词： 沙门氏菌;sRNA RybB;基因缺失;高通量测序;靶基因

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2024 年 011 期

页码： 8-14

收录情况： 北大核心

摘要： 为了探明沙门氏菌在sRNA RybB缺失后的转录组变化情况，试验对沙门氏菌LT2菌株和RybB基因缺失株进行高通量测序，运用DESeq2算法筛选sRNA RybB缺失后的差异表达基因，并对其进行GO功能注释、KEGG信号通路富集分析及EggNOG功能注释，并利用实时荧光定量PCR验证筛选出的10个差异表达基因结果的可靠性。结果表明：共筛选出199个差异表达基因，其中上调基因98个，下调基因101个。差异表达基因GO功能主要注释了酰胺转运、肽转运、大分子蛋白定位等生物学过程，参与了鞭毛组装、双组分系统、沙门氏菌感染、丙酸代谢和NOD样受体信号通路等27个KEGG信号通路，EggNOG功能注释了细胞壁/膜/包膜生物发生、一般功能预测、碳水化合物运输与代谢、氨基酸的转运和代谢等蛋白分类。差异表达基因STM1049、STM1246、STM4504、STM1394、STM1050、STM3600、STM3599、STM3601、STM3598和STM3602的相对表达量与转录组测序结果的变化趋势一致。说明sRNA RybB缺失后会影响细菌的生命活动，以及可直接或间接调节沙门氏菌的各种代谢途径。

分类号： S852.61

  • 相关文献

[1]沙门氏菌sRNA RybB及伴侣蛋白Hfq对孔蛋白OmpW表达的调控作用. 令狐远凤,潘永,杨阳,段世宇,张家莉,杨琦. 2023

[2]基于高通量测序筛选‘紫娟’花青素合成相关的miRNA. 陈林波,夏丽飞,刘悦,蒋会兵,田易萍,陈亮. 2019

[3]玉米抗感粗缩病重要miRNA及其靶基因的诠释. 吴斌,崔汉青,张眉,邵春国,姜珊珊,郭霞,徐德坤,王升吉. 2021

[4]利用Solexa测序技术鉴定甜橙miRNAs. 王永江,李中安,张振臣,杨方云,周彦. 2013

[5]鼠伤寒沙门菌小RNA RybB及伴侣蛋白Hfq对孔蛋白OmpD的表达调控. 陈世雄,潘永,令狐远凤,张家莉,杨婉,武绍碧,叶景芬,杨琦. 2024

[6]含PRRS病毒ORF5的伪狂犬病病毒TK基因缺失转移载体的构建. 仇华吉,周彦君,孔令达,张绍杰,钱平,王柳,童光志. 2000

[7]猪传染性胸膜肺炎放线杆菌血清型7型25-4株ApxⅡCA基因的克隆和基因缺失. 王春来,刘思国,王牟平,彭永刚,宫强,孔宪刚. 2004

[8]猪源伪狂犬病病毒变异株传代致弱株LA2017株的获得与鉴定. 郑亚婷,郭容利,陈赛赛,乔永峰,王志胜,许梦微,刘娅梅,张传健,吕家轩,王继春. 2021

[9]毒素-抗毒素系统yafON缺失对ExPEC生物被膜形成的影响. 侯博,王晨燕,车勇良,栗绍文,周伦江. 2020

[10]Tup1基因缺失对酿酒酵母耐高糖性状的影响. 陈英,芦志龙,张穗生,陈小玲,陆琦,吴仁智,陈东,关妮. 2020

[11]基因缺失粗糙型布鲁氏菌rS2-ΔWboA株的构建及生物学特性研究. 丁家波,王楠,毛开荣,程君生,陈光华,于圣青. 2012

[12]rmlA基因缺失影响禽致病性大肠杆菌的生物被膜形成. 韩月,韩先干,白灏,王少辉,孟庆美,丁铲,于圣青. 2013

[13]空泡形成毒素影响禽致病性大肠杆菌的生物学特性及致病性. 赵益超,王少辉,杨登辉,刘新,韩先干,田明星,丁铲,刘宗平,于圣青. 2015

[14]应用半乳糖表型差异高效筛选α-1;3半乳糖苷转移酶基因缺失的猪成纤维细胞. 岳成鹤,曹随忠,李西睿,冯冲,龙川,余树民,储明星,潘登科. 2013

[15]应用半乳糖表型差异高效筛选α-1,3半乳糖苷转移酶基因缺失的猪成纤维细胞. 岳成鹤,曹随忠,李西睿,冯冲,龙川,余树民,储明星,潘登科. 2014

[16]甘肃地区一株PCV-3流行毒株的全基因序列测定及遗传演化分析. 张辉,马雪青,袁红,李勇生,魏达礼,卢曾军,刘在新,韩庆彦,孙普. 2023

[17]利用信息肽诱导和Cre/LoxP系统构建猪链球菌基因缺失株. 刘冉,陈福广,陈平,黄萌萌,朱金鲁,谢芳,孟庆文,刘思国,刘建华,张跃灵. 2019

[18]鸭疫里默氏杆菌RIA0940基因缺失株的构建及主要生物学特性测定. 李林林,董嘉文,张俊勤,黄允真,孙敏华. 2022

[19]布鲁菌gntR4基因无痕缺失株构建及其生物学特性分析. 石文弢,尹伊,田明星,连拯民,成大荣,于圣青. 2023

[20]rmlA 基因缺失影响禽致病性大肠杆菌的生物被膜形成. 韩月,韩先干,白灏,王少辉,孟庆美,丁铲,于圣青. 2013

作者其他论文 更多>>

微信小程序