BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张倩

作者： 张倩;何延华;韩猛立;黄新;张星星;吴桐忠;钟发刚;王震

作者机构：

关键词： 牛病毒性腹泻病毒;非结构蛋白NS3;抗原表位;跨膜区;信号肽;修饰化位点

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2020 年 014 期

页码： 73-76,152-153

收录情况： 北大核心

摘要： 为了了解牛病毒性腹泻病毒(BVDV)非结构蛋白NS3的基本结构与生物学功能,试验利用Protparam,ProtScale,TMHMM,SignalP,Virus-mPLoc,SOPMA,Phyre 2,NetOGlyc 4.0 Server,NetPhos 3.1 Server,NetAcet 1.0 Server,Predicting Anti-genic Peptides,ABCpred,NetMHCIIpan 3.1 Server等软件,对BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3进行生物信息学分析,包括NS3蛋白的理化性质、亲水性、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测二级结构和三级结构、抗原决定簇、潜在的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位,评估糖基化、磷酸化和乙酰化修饰位点.结果表明:BVDV新疆分离株(GenBank登录号为JN704144.1)的非结构蛋白NS3共有683个氨基酸,包含20种氨基酸,分子式为C3338H5328N914O1009S27,相对分子质量为75 274.16,理论等电点为8.15.266个氨基酸参与无规律卷曲的形成,213个氨基酸参与α-螺旋的形成,147个氨基酸参与延伸链的形成,57个氨基酸参与β-转角的形成;构建的三级结构模型可信度为100%,蛋白覆盖率为91%;该蛋白质含有20个潜在的糖基化修饰位点,74个磷酸化修饰位点.该蛋白含有26个潜在抗原决定簇,其中B细胞抗原表位7个.对非结构蛋白NS3的CD4+抗原表位进行预测,得到78个肽段,其中有15个强结合肽段和63个弱结合肽段.说明该蛋白具有较好的免疫原性,为亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,定位于宿主的细胞质中.

分类号： S852.65

  • 相关文献

[1]表达H5亚型禽流感病毒不同形式HA基因重组鸭瘟病毒的构建及HA表达形式的鉴定. 刘璐,丁蕾蕾,柳金雄,陈普成,李爱心,胡玉珍,姜永萍,陈化兰,孙晓林. 2016

[2]牛病毒性腹泻病毒玛纳斯株E2基因的克隆及其主要抗原表位区的分段表达. 黄新,王新华,钟发刚. 2009

[3]日本脑炎病毒NS3蛋白多克隆抗体的制备. 蔡行,赵红梅,周丹娜. 2016

[4]猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因不同编码区的表达和反应原性鉴定. 周宏专,徐福洲,王金洛,杨新建,史爱华,杨兵. 2007

[5]非结构蛋白2高变区在PRRSV复制中的作用. 吕健,韦祖樟,高飞,郑海红,童光志. 2012

[6]美洲水貂(Neovisonvison)黑素皮质激素受体-1(MC1R)基因序列鉴定及生物信息学分析. 宋兴超,徐超,岳志刚,王雷,丛波,刘琳玲,杨福合. 2015

[7]狂犬病病毒糖蛋白跨膜区和膜内区的替换对其生物学特性的影响. 于桂梅,周微微,祖述龙,王子龙,陈曦,葛金英,步志高. 2015

[8]美洲水貂(Neovison vison)黑素皮质激素受体-1(MC1R)基因序列鉴定及生物信息学分析. 宋兴超,徐超,岳志刚,王雷,丛波,刘琳玲,杨福合. 2015

[9]吕氏泰勒虫TlSP无跨膜区重组蛋白的表达及反应原性分析. 韩元,许强,杨学财,李有全,郭鹏飞,关贵全,刘军龙,刘爱红,刘光远,李禤,殷宏,罗建勋,蔡葵蒸. 2017

[10]中温α-淀粉酶基因在枯草芽孢杆菌中的高效表达及其发酵条件优化. 陈景奇,崔艳艳,谢能中,王敏,张大伟. 2016

[11]猪链球菌蛋白表面展示系统的构建及展示蛋白的初步观察. 黄萌萌,刘冉,陈平,朱金鲁,卫东,谢芳,李刚,刘思国,张跃灵. 2020

[12]从江香猪源切除信号肽β干扰素原核载体的构建. 温贵兰,陈绍品,张升波,李昌红,徐丽,田浪,文明,王开功,程振涛,赵德刚. 2018

[13]ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶家族系统进化与功能分化. 官玲亮,侯凯,陈郡雯,徐应文,吴卫. 2013

[14]基因修饰对鸡新城疫病毒F_(48)E_9株HN基因DNA疫苗表达效力的影响. 贺笋,石星明,王云峰,王玫,冉多良,童光志. 2008

[15]烟草野火病菌Pseudomonas syringae pv. tabaci yuexi-1信号肽预测及分析. 李晶,杨玉文,赵廷昌. 2016

[16]鸡MHCⅠ类分子信号肽的预测及其序列特征. 戴银,王骏俊,沈学怀,胡晓苗,赵瑞宏,张丹俊. 2015

[17]荻草谷网蚜唾液蛋白基因Sm13498的克隆及功能分析. 付裕,王倩,张勇,陈巨莲. 2021

[18]苏云金芽胞杆菌分泌蛋白的鉴定及分析. 陈海波,宋福平,郭淑元. 2017

[19]信号肽与分泌通路在毕赤酵母表达异源蛋白中的作用机制. 张勇,毛若雨,胡小媛,滕达,王秀敏,王建华,王安如. 2013

[20]辣椒C基因全长序列比较分析. 王岩,张宝玺,张延国,张国裕,王立浩,徐有明,王晓武. 2007

作者其他论文 更多>>

微信小程序