微卫星标记在不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定的适用性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 程鹏

作者： 程鹏;杨爱国;吴彪;周丽青;李霞

作者机构：

关键词： 微卫星;壳色;虾夷扇贝;亲权鉴定;等位基因

期刊名称： 水生生物学报

ISSN： 1000-3207

年卷期： 2011 年 35 卷 05 期

页码： 768-775

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 实验选取8个多态性微卫星位点,用于虾夷扇贝4个不同壳色全同胞和半同胞家系160个子代的亲权鉴定。在亲本未知和一亲本已知的情况下,8个微卫星位点累积排除概率分别为0.823和0.961。鉴于亲权分析时子代的亲本在已知和未知情况下位点的累积排除概率不同,实验采用了两种方法用于家系的亲权鉴定。方法1:当子代的父母本情况未知时,根据子代基因型数据,通过CERVUS 2.0软件计算子代所对应的候选亲本的LOD值,直接将候选亲本中具有最大的两个LOD值的亲本确定为子代的父母本;方法2:在子代的亲本未知情况下,视具有最大LOD值的候选亲本为子代的第一候选亲本,然后将该亲本视为已知,通过CERVUS 2.0软件重新计算每个侯选亲本的LOD值,再从中选择具有最大LOD值的候选亲本作为该子代的第二候选亲本。结果表明,采用方法2得到的家系亲权鉴定成功率达到95%以上,确定了微卫星标记在虾夷扇贝家系鉴定中的可行性。所检测的微卫星位点在子代中出现无效等位基因现象,而无效等位基因存在会引起子代与亲本的错配。实验在家系鉴定时采用了无效等位基因存在(情况1)和缺失(情况2)两种子代基因型文件进行分析,不同情况下同一方法家系鉴定成功率相差无几。这表明了基于多个微卫星位点计算候选亲本LOD值大小寻找子代真实父母本可以降低由无效等位基因引起的错配的几率。研究表明了微卫星标记适合于不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定工作。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]两种壳色虾夷扇贝的RAPD分析. 孙秀俊,杨爱国,刘志鸿,周丽青. 2009

[2]两种壳色虾夷扇贝的同工酶分析. 孙秀俊,杨爱国,刘志鸿,周丽青,王卫军. 2009

[3]2种壳色虾夷扇贝的形态学指标比较分析. 孙秀俊,杨爱国,刘志鸿,周丽青. 2008

[4]不同壳色虾夷扇贝家系F_1幼虫生长及遗传结构的比较分析. 程鹏,杨爱国,周丽青,吴彪,刘志鸿,李霞,李德军. 2010

[5]牙鲆家系亲权鉴定的微卫星DNA标记分析. 刘永新,孙朝徽,王玉芬,刘奕,刘英杰. 2015

[6]基于微卫星亲权鉴定对钱塘江中下游三角鲂增殖放流效果的研究. 张敏莹,王邢艳,张婉平,童奇烈,方弟安,周彦锋,徐东坡. 2020

[7]建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定. 顾颖,李超,鲁翠云,郑先虎,俞菊华,孙效文. 2012

[8]翘嘴鳜微卫星标记亲权鉴定技术的建立与应用. 曾庆凯,孙成飞,董浚键,田园园,叶星. 2017

[9]福建漳浦太平洋牡蛎微卫星等位基因比较. 黄勤,陈曦. 2011

[10]磁珠富集法筛选虾夷扇贝微卫星序列. 赵莹莹,朱晓琛,孙效文,梁利群. 2006

[11]基于高通量测序的虾夷扇贝基因组微卫星特征分析. 倪守胜,杨钰,柳淑芳,庄志猛. 2018

[12]虾夷扇贝的多态性微卫星座位. 赵莹莹,朱晓琛,孙效文,梁利群,孙洋,刘丹. 2006

[13]虾夷扇贝EST-SSR标记在栉孔扇贝中的通用性研究. 张广明,孙秀俊,吴彪,杨爱国,刘志鸿,周丽青,刘寒苗,赵庆. 2018

[14]基于微卫星亲权鉴定技术的短蛸性选择研究. 范婷婷,冯艳微,刘文芬,王卫军,杨建敏. 2020

[15]鲑鳟通用型低通量单核苷酸多态性芯片的开发. 邰如玉,许建,江炎亮,张瀚元,白庆利,杨世勇,徐鹏,赵紫霞. 2019

[16]凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星多重PCR体系的建立及其在家系亲权鉴定中的应用. 李东宇,孔杰,孟宪红,栾生,罗坤,卢霞,曹宝祥. 2016

[17]草鱼的微卫星亲权鉴定. 任昆,白俊杰,樊佳佳,全迎春,于凌云. 2013

[18]基于微流控芯片的鲑科鱼类单核苷酸多态性分型系统构建. 赵紫霞,许建,吴碧银,曹顶臣,白庆利,徐鹏,马卓君. 2022

[19]微卫星DNA在牦牛亲权鉴定中的应用研究. 张浩,安添午,何建文,韩建林. 2014

[20]长牡蛎酪氨酸酶基因(CgTyr1)SNP多态性与壳色性状的关联. 赵博文,李琪,王九龙,于红. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序