辣椒转录组SNP挖掘及多态性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘峰

作者： 刘峰;谢玲玲;弭宝彬;欧阳娴;茆振川;邹学校;谢丙炎

作者机构：

关键词： 辣椒;转录组;EST-SNP;CAPS

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2014 年 41 卷 02 期

页码： 343-348

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用SNP分析软件从辣椒(Capsicum annuum L.)251 068条Unigenes中筛选出18 159个SNP,其中有1 781个SNP位点被匹配在1 291个注释基因上,基因功能分类和代谢途径分析表明,其中有853个基因参与初生代谢(28.7%)、细胞代谢(17.3%)、生物合成过程(15.7%),另有125个(9.7%)基因序列参与新陈代谢途径,53条(4.1%)序列参与次生代谢产物合成途径,31条(2.4%)序列参与植物激素合成途径。EST-SNP序列中4 172条(22.9%)满足设计CAPS引物条件,为了验证EST-SNP正确性,并选取了15对CAPS引物对5份辣椒材料进行扩增,结果发现有8对(53.3%)引物表现出多态性。表明筛选出这些EST-SNP标记可作为辣椒基因分型、图谱构建等的候选分子标记。

分类号： S641.3

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