文献类型： 中文期刊
第一作者： 刘锴
作者： 刘锴;何闪闪;张彩霞;张利义;卞书迅;袁高鹏;李武兴;康立群;丛佩华;韩晓蕾
作者机构：
关键词： 苹果;不定芽再生;RNA-Seq;差异表达基因;影响因子
期刊名称： 中国农业科学
ISSN：
年卷期： 2021 年 016 期
页码： 3488-3501
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 【目的】筛选分析‘GL-3’苹果叶片不定芽再生过程中的差异表达基因（differentially expressed gene,DEG）,进一步解析苹果叶片不定芽再生的潜在分子机制,为提高苹果的遗传转化效率提供理论参考。【方法】‘GL-3’苹果继代组培苗叶片外植体接种在再生培养基上,分别于0、3、7、14和21 d后取样并提取RNA,构建mRNA文库后采用Illumina Nova seq平台进行测序。筛选出各时间点的DEGs,根据GO（Gene ontology）和KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）注释结果以及官方分类,使用R软件中的phyper函数对筛选到的DEGs进行GO和KEGG富集分析;利用BLAST软件进行基因比对注释;重点分析植物再生相关的激素、酶、转录因子、多胺等DEGs;采用qRT-PCR对DEGs进行定量验证。【结果】再生培养基上培养3、7、14和21 d的苹果叶片外植体与对照组相比,分别筛选到5 250、4 937、6 852、6 493个DEGs,4个时间点共有的DEGs有3 027个。DEGs的GO功能富集显示,4个时间点筛选到的共有DEGs中上调表达的DEGs主要与氧化还原过程、细胞外围、蛋白激酶活性和有机环化合物结合等功能有关;下调表达的DEGs主要与单细胞代谢过程、钙离子结合、光合膜和类囊体部分等功能有关。DEGs的KEGG通路富集分析显示,4个时间点筛选到的共有DEGs中上调表达的DEGs主要富集在磷酸戊糖途径、植物激素信号转导、植物-病原菌相互作用和内质网蛋白质加工等途径中;下调表达的DEGs主要富集在α-亚麻酸代谢、苯丙烷生物合成、碳代谢和光合作用等途径中。对与植物离体叶片再生相关的激素、酶、转录因子和多胺等相关DEGs的表达模式进行分析发现,这些DEGs大部分呈上调表达趋势。经qRT-PCR验证后,所检测基因的表达趋势与转录组测序结果一致。【结论】通过对苹果叶片不定芽再生过程中不同时间点的基因表达谱进行检测和对比分析,获得了大量与苹果叶片不定芽再生相关的基因,研究结果为深入探讨苹果离体叶片再生机理提供了理论依据。
分类号： S661.1
- 相关文献
[1]利用RNA-Seq技术鉴定拟南芥不定芽再生相关的转录因子. 王兴春,陈钊,樊娟,何苗苗,韩渊怀,杨致荣. 2015
[2]基于RNA-Seq的稻瘟病菌Δznf1突变体的表达谱分析. 岳晓凤,阙亚伟,王政逸. 2016
[3]高低产蛋鸡产蛋后期卵巢组织差异表达基因筛选及其功能分析. 陈林,王家乡,吴艳,皮劲松,蒲跃进. 2024
[4]基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释. 刘林清,李庆岗,苏世广,周梅,张威,王重龙. 2024
[5]利用RNA-seq技术筛选影响文昌鸡腹脂沉积的重要候选基因. 吴红芬,张颖,侯冠彧,王颖,汪刘浩,吴科榜,那威. 2023
[6]基于RNA-Seq的甘蔗主茎和分蘖茎转录组建立及初步分析. 罗含敏,陈荣发,黄杏,陈忠良,范业赓,陈栋,李杨瑞,吴建明. 2018
[7]ZBED6基因敲除猪肾脏转录组分析. 田文杰,王丹丹,王圣楠,马月辉,蒋琳,宋子仪. 2022
[8]用ZBED6基因敲除猪研究心脏发育的分子机制. 王丹丹,唐雨婷,马月辉,王立刚,潘登科,蒋琳. 2018
[9]热应激下公兔睾丸组织形态和精液转录组分析. 蔡佳炜,张琛,靳荣帅,鲍志远,张希宇,王璠,翟频,赵博昊,陈阳,汤先伟,吴信生. 2023
[10]基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释. 李小金,钱坤,刘林清,王重龙,周杰. 2016
[11]雏鸡红细胞免疫相关基因差异表达的时序性研究. 贾悦,李月健,喻进,张晨亮,李娜娜,卢晓晓,张宁,李欣,张鼎,郝卫芳,马海利,高文伟,赵宇军,高诗敏,李建慧,李桂兰,闫芳,韩凌霞,宁官保,田文霞. 2015
[12]贵州不同海拔示范园三个苹果品种的光合特性. 王瑜,向青云,吴亚维,乔光,蔡永强,杨华,文晓鹏. 2011
[13]贵州中部地区不同苹果品种光合特性研究. 吴亚维,王瑜,向青云,蔡永强,丰佩明,刘涛. 2010
[14]根癌农杆菌介导苹果遗传转化研究进展. 秦玲,李明,王永熙,韩礼星,黄贞光,赵改荣. 2002
[15]根癌农杆菌介导苹果遗传转化研究进展. 秦玲,李明,王永熙,韩礼星,黄贞光,赵改荣. 2002
[16]不同基因型矮牵牛高频再生体系建立的研究. 吕晋慧,王玄,王媛,杨明霞. 2011
[17]草莓高效离体叶片再生体系的建立. 王翡,高志红,章镇,乔玉山,王萌,李国平,糜林. 2010
[18]‘黄水蜜’桃实生苗茎段再生体系的建立. 齐贤,谭彬,郑先波,叶霞,冯建灿. 2015
[19]MgO纳米颗粒对油菜子叶外植体的影响. 何晓兰,Marian Brestic,郭书巧,倪万潮. 2018
[20]丽格海棠外植体组织培养的研究. 于非. 2019
作者其他论文 更多>>
-
红肉苹果新品种-红韵
作者：张利义
关键词：
-
苹果砧木CX5组织培养体系的建立
作者：严家帝;杨安;田玉凤;韩晓蕾;张彩霞
关键词：苹果半矮化砧;CX5;茎段;组织培养
-
中熟苹果新品种中苹优蕾
作者：韩晓蕾;张彩霞
关键词：苹果新品种;平均单果重;非主要农作物;肉质松脆;小果型;杂交后代;金红;可溶性固形物含量
-
红肉苹果新品种红韵的选育
作者：张利义;江春阳
关键词：红肉苹果;杂交选育;新品种;红韵;早熟耐贮
-
不同砧木对纽荷尔脐橙嫁接苗生长和生理指标的影响
作者：杨惠栋;彭震宇;彭良志;袁梦;淳长品;袁高鹏
关键词：柑桔;砧木;嫁接苗;生长量;矿质营养
-
外施GA3对台农17号菠萝果实品质及内源激素的影响
作者：李斯宇;华敏;吴晓慧;邓会栋;韩晓蕾;王海波;李向宏
关键词：赤霉素;菠萝;果实品质;内源激素
-
晚白海棠×华月苹果杂交种实生苗若干性状的遗传分析
作者：李娇;安秀红;邵建柱;李武兴;田义
关键词：苹果;杂交种实生苗;性状;遗传倾向
