美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组SSR位点的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈诚

作者： 陈诚;刘晓飞;李强;王剑;伏荣桃;张鸿;卢代华

作者机构：

关键词： 灵芝;转录组;SSR;多态性

期刊名称： 中国农业科技导报

ISSN： 1008-0864

年卷期： 2018 年 07 期

页码： 48-55

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,并为开发灵芝分子标记辅助育种技术奠定基础,将高通量转录组测序获得的美国大灵芝转录组数据通过Trinity软件拼接组装,再利用MISA软件分析其SSR位点信息。随后采用Primer 3根据SSR位点设计特异性鉴别引物,并以灵芝DNA为模板,对其有效性进行验证。共获得65 064条单基因簇(unigene),在其中2 981条unigene中检测到3 380个符合软件参数的SSR位点,发生频率为5.19%,平均分布距离为12.60 kb。美国大灵芝转录组SSR位点总长度为52 168 bp,平均长度为15 bp。单核苷酸、三核苷酸是美国大灵芝转录组SSR的主要重复类型,分别占总SSR的35.33%和38.67%。SSR基元重复次数范围为5~73次,其中5次重复的发生次数最高。SSR重复基元共有98个类型,其中C/G是最常见的重复基元,比例为17.72%,其次是A/T,比例为17.60%。针对3 380个SSR位点设计出2 324对SSR引物,随机选择15对引物对3种灵芝栽培品种进行PCR扩增,10对引物可稳定扩增出条带,其中8对在3个灵芝栽培品种中表现出多态性。说明美国大灵芝转录组SSR位点多态性丰富,对灵芝的功能基因挖掘、分子标记辅助育种开发以及遗传多样性分析等具有重要意义。

分类号： S567.31

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