辣椒EST-SSRs分布特征及其应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 支莉

作者： 支莉;王述彬;刁卫平;刘金兵;潘宝贵;戈伟;于彩云

作者机构：

关键词： 辣椒;EST-SSR;标记开发;功能注释;遗传多样性

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2010 年 26 卷 06 期

页码： 1323-1328

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI数据库获得116 952条辣椒ESTs序列,通过软件除去赝象序列后得86 496条非冗余序列,利用SSRLoctor软件分析后共发现1 736个微卫星分布于1 658条ESTs序列中,EST-SSRs序列出现频率为1.92%。在辣椒EST-SSRs中,二核苷酸重复类型出现频率最高,占总SSR的56.4%,其次是三核苷酸重复类型,占总SSR的23.3%。共检测到149种基序重复类型,重复基序出现频率最高的为GA/TC,AG/CT次之。1 658条EST序列中可设计出引物810对,功能注释结果表明,具有生物进程、细胞组成和分子功能的EST序列分别为297条、271条和316条。随机选择100对EST-SSR引物对17份辣椒材料进行遗传多样性分析,结果表明,80对EST-SSR引物能够得到有效扩增,其中46对引物表现出多态性扩增,每对引物检测到等位基因数1~3个,平均1.9个。经由NT-SYS2.10软件聚类,在相似系数为0.718时,供试的17份辣椒种质资源分为6个亚类,表明开发的EST-SSR可用于辣椒种质资源遗传多样性分析。

分类号： S641.3

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