基于EST序列的烟草cSNP发掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 龚达平

作者： 龚达平;王鲁;李凤霞;王卫锋;刘贯山;孙玉合

作者机构：

关键词： 单核苷酸多态性;序列表达标签;单体型;烟草

期刊名称： 中国烟草科学

ISSN： 1007-5119

年卷期： 2012 年 06 期

页码： 61-65

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： SNP标记是一类应用广泛的第三代分子标记。从GenBank下载普通烟草EST序列共计317 175条,用CAP3软件对序列进行拼接。设定SNP位点的冗余度大于2,采用AutoSNP软件检测cSNP。结合位点所在序列的文库和品种信息以及多个SNP位点的共分离分值来评价其可信度。结果表明,317 175条普通烟草EST拼接成重叠群中15 429个重叠群至少包含4个读长,鉴定出53 477个冗余度大于2的候选SNP,烟草中出现SNP的频率为0.34%。其中SNP的转换率大于颠换,插入/删除表现出A/T偏好。这些高质量SNP标记的发掘为开展烟草基因功能研究和分子育种奠定了良好的基础。

分类号： S572

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