文献类型： 中文期刊
第一作者： 孙雪
作者： 孙雪;李胜杰;姜鹏;杜金星;周家辉;白俊杰
作者机构：
关键词： 草鱼;转录组测序;差异表达基因;单核苷酸多态性;生长性状
期刊名称： 水产学报
ISSN：
年卷期： 2021 年 003 期
页码： 333-344
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 为开发与草鱼生长性状相关基因及单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）标记,实验采用转录组测序技术（RNA sequencing,RNA-Seq）对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析,共获得31 465万条高质量短读序（clean reads）,经组装得到34 147条拼接基因（unigene）,平均长度为1 060 bp,其中有30 751条unigene获得注释。在肝脏、肌肉和脑组织中分别筛选到1 013、552和372个差异表达基因,并从中检测到4 580个SNP标记。采用SNaPshot技术对其中34个SNP标记在300尾草鱼生长性状极端群体中进行多态性检测和验证,30个SNP标记分型成功,准确率为88.24%。进一步采用一般线性模型分析30个SNP标记与生长性状的相关性,结果显示,unigene00810126-8014标记CC基因型的体质量、体长、体高、头长和尾柄长性状均值显著高于TT基因型。unigene00810126-2903标记AA基因型的体质量显著高于GG基因型。unigene00870394-525标记AA基因型的体质量和体长性状均值显著高于GG基因型。unigene02938762-011628标记的TT基因型与CC基因型在体质量、体长和头长性状上的差异均达到显著水平。这4个标记位于生长催乳素α基因（slα）、早期生长反应蛋白-1基因（egr-1）和肌球蛋白重链基因（myh）上。其他标记不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异。其中8个SNP标记在草鱼群体中的平均多态信息含量（PIC）、平均期望杂合度（He）和平均观测杂合度（Ho）分别为0.300、0.377和0.363,表明草鱼选育群体遗传多样性较高。本研究获得与生长性状相关的1 937个差异表达基因和4个SNP标记,为草鱼分子辅助育种研究提供基础资料。
分类号： S917.4
- 相关文献
[1]基于转录组测序筛选大口黑鲈食性驯化相关基因和SNP标记. 邵嘉棋,杜金星,雷彩霞,李胜杰,董传举,张猛,李学军. 2022
[2]草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析. 樊佳佳,刘小献,白俊杰,于凌云. 2014
[3]双孢蘑菇6个菌株不同发育阶段的转录组分析. 施肖堃,卢园萍,蔡志欣,郭仲杰,陈美元,廖剑华. 2019
[4]基于转录组学的不同色系蝴蝶兰花色苷差异积累分析. 张加强,史小华,刘慧春,马广莹,邹清成,朱开元,周江华,毛军铭. 2018
[5]基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因. 张会永,吴井生,杨剑波,俞燕,薛倩,殷建玫,朱云芬,朱静,苏一军,李国辉,韩威. 2020
[6]鸭胚胎发育中后期胸肌发育阻滞的RNA-seq分析. 刘宏祥,徐文娟,朱春红,陶志云,宋卫涛,章双杰,李慧芳. 2018
[7]基于瘤胃转录组探究双峰驼沙漠适应性分子机制. 方艳,周俊文,关伟军,蒋琳,浦亚斌,赵倩君,何晓红,马月辉. 2021
[8]芝麻根系响应铝胁迫的比较转录组分析. 梁俊超,赵云燕,颜小文,颜廷献,王郅琪,孙建,饶月亮,周红英,乐美旺. 2023
[9]鸭胚胎发育中后期胸肌发育阻滞的RNA-seq分析. 刘宏祥,徐文娟,朱春红,陶志云,宋卫涛,章双杰,李慧芳. 2018
[10]基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因. 郭静文,史晓蕾,刘茜,赵青松,邸锐,刘兵强,闫龙,王凤敏,张孟臣,赵宝华,杨春燕. 2019
[11]哈茨木霉Th-33厚垣孢子形成过程的转录组变化分析. 李梅,张林,庞莉,孙青,蒋细良. 2015
[12]基于转录组测序筛选鸡皮肤毛囊性状相关基因和关键通路. 陈春,魏岳,黄聪,黎观红,谢金防,武艳平. 2023
[13]不同磷酸盐浓度下浮游虫黄藻的转录组比较分析. 李月,王云龙,欧阳珑玲. 2022
[14]长日照条件下2个热带玉米自交系的转录组差异分析. 高媛,王小利,涂亮,刘鹏飞,郭向阳,王安贵,祝云芳,吴迅,陈泽辉. 2022
[15]野生稻基因导入系W6023对白叶枯菌的抗谱及转录组差异表达基因分析. 张明伟,徐飞飞,郝巍,王春连,赵开军. 2017
[16]桃响应葡萄座腔菌侵染的转录组学分析. 刘勇,王富荣,王会良,艾小艳,朱炜,孙中海,吕亮,龚林忠,何华平. 2024
[17]转录组测序技术在猪繁殖与呼吸综合征病毒研究中的应用. 梁婉,周丹娜,彭忠,杨克礼,段正赢,郭锐,刘威,吴斌,陈文杰,孟丽,田永祥. 2019
[18]红望天眼金鱼皮肤变色机制的转录组学分析. 李荣妮,王赛赛,田仲,孙砚胜,张博,张欣. 2022
[19]基于转录组测序的金银花提取物抗鸽源新城疫病毒感染的作用机制研究. 莫红芳,石宗承,杨燕燕,俸云,虞霖田,石德顺,熊晓妍. 2024
[20]西方蜜蜂工蜂不同虫态发育的转录组学分析. 宋文菲,胡宗文,苗春辉,余玉生,杨爽,李亚辉. 2022
作者其他论文 更多>>
-
不同大口黑鲈群体耐热性分析及高温对鳃组织和抗氧化酶活性的影响
作者：谢玉净;李胜杰;杜金星;朱涛;宋红梅;雷彩霞;温绮乔
关键词：大口黑鲈;急性高温胁迫;半数致死温度;组织损伤;抗氧化酶
-
草鱼不同月龄性腺组织学观察及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达分析
作者：祁博;李胜杰;杜金星;肖小芳;张东云;朱涛;雷彩霞;刘志军;宋红梅
关键词：草鱼;性别分化;组织切片;基因表达
-
高粱功能着丝粒的鉴定及序列组成分析
作者：戴妍;周嘉亮;姜鹏;王为;王凯
关键词：高粱;功能着丝粒;着丝粒重复序列;CENH3;染色质免疫共沉淀
-
玉米机械化播种关键技术与装备研究进展
作者：花登峰;姜鹏;高进;施洋;孙健雄;陆镇威;王海洋;程芳梅;杨华;王为
关键词：玉米;播种;直播;移栽;机械化;精准农业
-
加州鲈主要病毒病诊断与防控策略(上)
作者：曾令兵;王旭军;李胜杰
关键词：
-
宁夏大口黑鲈反季节繁育研究
作者：王建勇;李斌;张朝阳;李胜杰;刘巍
关键词：
-
"碳减排"背景下北京生态涵养区农产品对产值影响分析
作者：蒋韬;姜鹏
关键词：生态涵养区;农业可持续发展;灰色关联度;GM（1,1）模型
