大口黑鲈两个亚种EST数据库分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 景燕娟

作者： 景燕娟;白俊杰;李胜杰;于凌云;蔡磊

作者机构：

关键词： 大口黑鲈;北方亚种;佛罗里达亚种;罗氏454测序;表达序列标签

期刊名称： 上海海洋大学学报

ISSN： 1674-5566

年卷期： 2012 年 21 卷 06 期

页码： 945-950

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈(Micropterus salmoides)北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5bp和304.4bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6bp和588.2bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene Ontology(GO)信息,对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘,发现了含SSRs和SNPs的序列分别为25 469和8 547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较,结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及其杂交子代的生长和形态差异分析. 蔡磊,白俊杰,李胜杰,陈昆慈,曹婷婷. 2012

[2]大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种及其杂交子代的遗传分析. 蔡磊,白俊杰,李胜杰,陈昆慈,樊佳佳,马冬梅. 2012

[3]小麦种质N9436抗白粉病的特异基因表达谱分析. 吴金华,胡银岗,张宏,王长有,王秋英,吉万全. 2008

[4]内蒙古白绒山羊编码HGT-Ⅰ型蛋白的特征分析. 赵冰,李玉荣,尹俊,李金泉,梁涛. 2004

[5]鲤EST标记与耐低温性状的相关性分析及定位. 常玉梅,高国强,徐丽华,刘金亮,刘春雷,梁利群. 2010

[6]草棉EST-SSRs的遗传评价. 余渝,王志伟,冯常辉,张艳欣,林忠旭,张献龙. 2008

[7]应用mRNA差异显示技术筛选绵羊皮肤毛囊差异表达序列标签. 杨华,杨永林,王宁,李辉,沈敏. 2011

[8]猪肌肉组织表达序列标签(ESTs)的分析. 王秀利,仇雪梅,刘娣. 2007

[9]基于EST数据的柞蚕SSR标记开发. 郑茜茜,马红方,谌苗苗,钟亮,李群. 2016

[10]谷子十里香抗锈抑制消减杂交文库构建及初步分析. 李志勇,贾丽霞,董立,王楠,白辉,全建章,刘磊,董志平. 2014

[11](木奈)褐变果实均一化全长cDNA文库的构建及部分ESTs序列分析. 姜翠翠,陈桂信,潘东明,赖燕,郑鸿昌. 2013

[12]胞囊线虫侵染后小粒黑豆抑制消减杂交cDNA文库的构建及EST分析. 王芳,段玉玺,陈立杰,王媛媛,朱晓峰,王东. 2012

[13]差异基因的高通量筛选研究. 刘岩,王海龙,孟智启. 2009

[14]基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析. 刘奕,陈伟兴,周丹,陈晓婷,王美玉,王桂兴,刘海金. 2013

[15]鲤遗传连锁图谱的构建. 王宣朋,孙效文,李文升,张天奇,李超. 2011

[16]应用抑制性差减杂交技术分离椪柑枯水相关基因. 杨明,王日葵,周炼,葛文东,焦雁翔. 2012

[17]扩展莫尼茨绦虫反应元件结合蛋白基因的克隆和cDNA序列分析. 朱建军,赵文娟,张慧,吕廷德,薄新文. 2009

[18]蝉拟青霉侵染小菜蛾幼虫SSH文库的构建及免疫相关基因分析. 党向利,陈官菊,厉晓腊,刘又高,金轶伟. 2012

[19]柞蚕蛹全长cDNA文库的构建和随机EST测序. 夏润玺,李玉萍,王欢,李喜升,刘彦群,秦利,姜德富,鲁成. 2009

[20]短枝型苹果SSH文库构建及相关基因表达分析. 宋杨,吴树敬,张艳敏,陈学森. 2013

作者其他论文 更多>>

微信小程序