基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 包文风

作者： 包文风;王吉明;尚建立;马双武

作者机构：

关键词： 西瓜;EST;EST-SSR;引物

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2011 年 26 卷 02 期

页码： 88-92

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%)。基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多。长度主要分布在20~30 bp(76%)。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设计引物对数的66.7%。结果表明:利用公共数据库中的EST序列开发西瓜EST-SSR标记是一种有效的方法。

分类号： S651

  • 相关文献

[1]基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析. 刘奕,陈伟兴,周丹,陈晓婷,王美玉,王桂兴,刘海金. 2013

[2]基于转录组测序的油梨EST-SSR引物开发. 应东山,唐浩,韩瑞玺,王文林,王明,王琴飞,汤秀华,张如莲. 2018

[3]大白菜表达序列标签SSR标记分析. 葛佳,谢华,崔崇士,洪剑明,马荣才. 2005

[4]牙鲆EST资源的SSR信息分析. 陈松波,龚丽,刘海金. 2010

[5]香蕉EST-SSRs标记的开发与应用. 王静毅,陈业渊,刘伟良,武耀廷. 2008

[6]EST-SSR标记在蔬菜作物中的开发和应用进展. 吴海滨,罗少波,罗剑宁,龚浩,何晓莉. 2012

[7]西瓜EST资源的SSR信息分析. 赵胜杰,刘文革,阎志红,何楠. 2009

[8]西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析. 冯建明,郭绍贵,吕桂云,陈年来,张海英,宫国义,许勇. 2009

[9]西瓜EST-SSR分子标记的筛选. 邹明学,陈艳红,徐勇,郭绍贵,张海英,宫国义. 2009

[10]葫芦科主要瓜类作物EST-SSR标记的开发与应用. 赵胜杰,刘文革,阎志红,何楠,路绪强. 2011

[11]引物对甘薯品种聚类分析结果的影响. 孙勇,马代夫,谢逸萍,蒋继宏,陈凤美. 2003

[12]李种质资源ISSR反应体系引物筛选. 安佰义,王迦,王嫚,于慧颖,范爱淇,张艳波,张艳,李锋. 2019

[13]微卫星技术路线的发展及在海洋生物中的应用. 高焕,于飞,阎斌论,陈建华,孔杰. 2008

[14]微卫星DNA标记在番茄亲子鉴定中的应用. 姚祝平,叶青静,王荣青,阮美颖,周国治,万红建,杨悦俭. 2011

[15]饲料中牛、羊、猪、鸡源性成分的PCR检测方法及其应用. 罗家琴,王加启,卜登攀,李旦,王丽,魏宏阳,周凌云. 2008

[16]应用聚合酶链式反应方法检测携带大麦黄矮病毒的单头蚜虫. P.M.Waterhouse,王立阳,周广和,陈剑波. 1992

[17]柞蚕核型多角体病毒实时荧光LAMP检测方法的初步建立. 张洋,薛强,金英,李凤芹,闫伟. 2017

[18]6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析. 董亚青,朱爱萍,郭广富,朱文斗,於敏,曹军平. 2019

[19]PCR快速检测种子携带绿豆晕疫病菌方法的应用. 田晓燕,贺小勇,孔庆全,赵存虎,陈文晋,李志栋,贾转青. 2021

[20]利用SSR分子标记技术快速鉴定津甜100甜瓜种子纯度. 武云鹏,李肯,张若纬,彭冬秀. 2021

作者其他论文 更多>>

微信小程序