基于50K SNP芯片评估广东省四类地方猪保种群体的遗传结构

文献类型： 中文期刊

第一作者： 程昕琰

作者： 程昕琰;王诗媛;吉叶标;黄思秀;杨杰;孟繁明;张茂;蔡更元;刘琅青

作者机构：

关键词： 华南地方猪;SNP芯片;保种;遗传多样性;群体遗传结构

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年 55 卷 012 期

页码： 5464-5477

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在揭示广东省4类重点保护地方猪种的保种情况，评估其保种群体的遗传结构信息，辅助保护和利用地方猪种质资源。本研究采用2023年采集自6个保种场的广东省4类地方猪共488头（新丰板岭大花白猪92头、新丰板岭蓝塘猪34头、紫金东瑞蓝塘猪68头、乐家庄小耳花猪77头、壹号食品小耳花猪109头、北礤粤东黑猪108头）。使用50K SNP芯片对比了包括欧洲野猪、瘦肉型猪、其他华南地方猪以及其他中国地方猪在内的41个地方猪品种，共2 144头。质控后保留20 590个SNPs位点。对广东4类地方猪种保种群体进行遗传多样性、血缘纯度、亲缘关系以及家系结构分析。结果显示：新丰板岭大花白猪的近交系数（F值）为0.409,观测杂合度（Ho）为0.181,期望杂合度（He）为0.172,连续纯和片段（ROH）长度为475.81 Mb,连锁不平衡（LD）长度为467.88 kb,平均FROH值为0.212,保种场内分为5个家系；新丰板岭蓝塘猪的F值为0.316,Ho为0.210,He为0.189,ROH长度为441.76 Mb, LD长度为475.78 kb,FROH值为0.201,分为4个家系；紫金东瑞蓝塘猪的F值为0.239,Ho为0.233,He为0.218,ROH长度为224.13 Mb, LD长度为463.53 kb,FROH值为0.100,分为5个家系；乐家庄小耳花猪的F值为0.319,Ho为0.208,He为0.221,ROH长度为262.62 Mb, LD长度为460.88 kb,FROH值为0.117,分为7个家系；壹号小耳花猪的F值为0.435,Ho为0.173,He为0.171,ROH长度为113.41 Mb, LD长度为418.59 kb,FROH值为0.051,分为6个家系；北礤粤东黑猪的F值为-0.028,Ho为0.314,He为0.300,ROH长度为247.47 Mb, LD长度为467.88 kb,FROH值为0.110,分为5个家系。对各保种群体血缘组成进行分析，除粤东黑猪群体血缘仍大量受瘦肉型猪血缘影响，平均中国猪血缘比例为69.37%,其他4个群体均受瘦肉型群体血缘影响较小，血缘较纯，平均中国猪血缘比例大于90%,保种情况较好。综上，广东省各地方猪保种场后期应加强对地方猪的扩繁和选育工作，在保持血缘纯度稳定的情况下，降低近交程度。

分类号： S828.2

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