文献类型： 中文期刊
第一作者： 雷天刚
作者： 雷天刚;何永睿;彭爱红;许兰珍;刘小丰;姚利晓;邹修平;江东;陈善春
作者机构：
关键词： 柑橘;表达序列标签;单核苷酸多态性;酶切扩增多态性序列;等位基因特异PCR
期刊名称： 园艺学报
ISSN： 0513-353X
年卷期： 2012 年 39 卷 06 期
页码： 1027-1034
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 以从GenBank中下载的93 955条甜橙[Citrus sinensis(L.)Osbeck]EST序列为源序列,利用QualitySNP软件包从中挖掘出1 521个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)候选位点。进一步利用酶切位点查找软件WatCut进行分析,发现其中125个SNP为酶切扩增多态性序列(cleavedamplified polymorphic sequences,CAPS)位点。随机挑选40个CAPS候选位点设计引物,对12个含多种类型的柑橘品种进行分型,以此验证各标记的有效性。同时,还挑选了25个经生物信息学预测可导致其编码蛋白氨基酸序列改变的SNP位点,分别设计出一组等位基因特异PCR(allele specific PCR,AS-PCR)引物,以6个不同类型柑橘品种的DNA为模板进行PCR扩增,扩增产物采用琼脂糖凝胶电泳进行检测,筛选多态性引物。结果显示,40个CAPS候选位点中有26个位点具有酶切扩增多态性,且分型结果稳定,可作为CAPS标记。此外,还筛选获得15组在不同柑橘品种间检测到多态性的AS-PCR引物,重复性好,可有效用于柑橘品种的SNP分型。
分类号： S666
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